. ├── at10 │   ├── bowtie2 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── genome.2bit │   ├── genome.fa │   └── TAIR10_GFF3_genes.gff ├── at9 │   ├── bowtie2 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── genome.1.ebwt │   │   ├── genome.2.ebwt │   │   ├── genome.3.ebwt │   │   ├── genome.4.ebwt │   │   ├── genome.rev.1.ebwt │   │   └── genome.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── genome.fa.amb │   │   ├── genome.fa.ann │   │   ├── genome.fa.bwt │   │   ├── genome.fa.pac │   │   └── genome.fa.sa │   ├── genome.2bit │   ├── genome.fa │   └── TAIR9_GFF3_genes.gff ├── dm2 │   └── liftover │   └── dm2ToDm3.over.chain ├── dm3 │   ├── bowtie2 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── dm3.1.ebwt │   │   ├── dm3.2.ebwt │   │   ├── dm3.3.ebwt │   │   ├── dm3.4.ebwt │   │   ├── dm3.rev.1.ebwt │   │   └── dm3.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── dm3.fa.amb │   │   ├── dm3.fa.ann │   │   ├── dm3.fa.bwt │   │   ├── dm3.fa.fai │   │   ├── dm3.fa.pac │   │   ├── dm3.fa.rbwt │   │   ├── dm3.fa.rpac │   │   ├── dm3.fa.rsa │   │   └── dm3.fa.sa │   ├── dm3.2bit │   ├── dm3.gtf │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── liftover │   │   ├── dm3ToDm2.over.chain │   │   └── dm3ToDm6.over.chain │   └── rsem │   ├── dm3.1.ebwt │   ├── dm3.2.ebwt │   ├── dm3.3.ebwt │   ├── dm3.4.ebwt │   ├── dm3.chrlist │   ├── dm3.grp │   ├── dm3.idx.fa │   ├── dm3.n2g.idx.fa │   ├── dm3.rev.1.ebwt │   ├── dm3.rev.2.ebwt │   ├── dm3.seq │   ├── dm3.ti │   └── dm3.transcripts.fa ├── dm6 │   ├── bowtie2 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── dm6.1.ebwt │   │   ├── dm6.2.ebwt │   │   ├── dm6.3.ebwt │   │   ├── dm6.4.ebwt │   │   ├── dm6.rev.1.ebwt │   │   └── dm6.rev.2.ebwt │   ├── bwa_mem_index │   │   ├── dm6.fa.amb │   │   ├── dm6.fa.ann │   │   ├── dm6.fa.bwt │   │   ├── dm6.fa.pac │   │   └── dm6.fa.sa │   ├── dm6.2bit │   ├── dm6.fa │   ├── dm6.gtf │   ├── Drosophila_melanogaster.BDGP6.91.gff3 │   ├── liftover │   │   └── dm6ToDm3.over.chain │   └── rsem │   ├── dm6.1.ebwt │   ├── dm6.2.ebwt │   ├── dm6.3.ebwt │   ├── dm6.4.ebwt │   ├── dm6.chrlist │   ├── dm6.grp │   ├── dm6.idx.fa │   ├── dm6.n2g.idx.fa │   ├── dm6.rev.1.ebwt │   ├── dm6.rev.2.ebwt │   ├── dm6.seq │   ├── dm6.ti │   └── dm6.transcripts.fa ├── GRCh38.d1.vd1 │   ├── GRCh38.d1.vd1.dict │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa.amb │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa.ann │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa.bwt │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa.fai │   ├── GRCh38.d1.vd1.fa.pac │   └── GRCh38.d1.vd1.fa.sa ├── hg18 │   ├── bowtie2 │   │   ├── hg18.1.bt2 │   │   ├── hg18.2.bt2 │   │   ├── hg18.3.bt2 │   │   ├── hg18.4.bt2 │   │   ├── hg18.rev.1.bt2 │   │   └── hg18.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── hg18.1.ebwt │   │   ├── hg18.2.ebwt │   │   ├── hg18.3.ebwt │   │   ├── hg18.4.ebwt │   │   ├── hg18.rev.1.ebwt │   │   └── hg18.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── hg18.fa.amb │   │   ├── hg18.fa.ann │   │   ├── hg18.fa.bwt │   │   ├── hg18.fa.pac │   │   ├── hg18.fa.rbwt │   │   ├── hg18.fa.rpac │   │   ├── hg18.fa.rsa │   │   ├── hg18.fa.sa │   │   ├── hg18full.fa.amb │   │   ├── hg18full.fa.ann │   │   ├── hg18full.fa.bwt │   │   ├── hg18full.fa.pac │   │   ├── hg18full.fa.rbwt │   │   ├── hg18full.fa.rpac │   │   ├── hg18full.fa.rsa │   │   └── hg18full.fa.sa │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── hg18.2bit │   ├── hg18.gtf │   ├── liftover │   │   ├── hg18ToHg19.over.chain │   │   ├── hg18ToMm8.over.chain │   │   └── hg18ToMm9.over.chain │   └── rsem │   ├── hg18.1.ebwt │   ├── hg18.2.ebwt │   ├── hg18.3.ebwt │   ├── hg18.4.ebwt │   ├── hg18.chrlist │   ├── hg18.grp │   ├── hg18.idx.fa │   ├── hg18.n2g.idx.fa │   ├── hg18.rev.1.ebwt │   ├── hg18.rev.2.ebwt │   ├── hg18.seq │   ├── hg18.ti │   └── hg18.transcripts.fa ├── hg19 │   ├── bowtie2 │   │   ├── hg19.1.bt2 │   │   ├── hg19.2.bt2 │   │   ├── hg19.3.bt2 │   │   ├── hg19.4.bt2 │   │   ├── hg19.rev.1.bt2 │   │   └── hg19.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── hg19.1.ebwt │   │   ├── hg19.2.ebwt │   │   ├── hg19.3.ebwt │   │   ├── hg19.4.ebwt │   │   ├── hg19.rev.1.ebwt │   │   └── hg19.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── hg19.amb │   │   ├── hg19.ann │   │   ├── hg19.bwt │   │   ├── hg19.fa.amb │   │   ├── hg19.fa.ann │   │   ├── hg19.fa.bwt │   │   ├── hg19.fa.pac │   │   ├── hg19.fa.rbwt │   │   ├── hg19.fa.rpac │   │   ├── hg19.fa.rsa │   │   ├── hg19.fa.sa │   │   ├── hg19.pac │   │   ├── hg19.rbwt │   │   ├── hg19.rpac │   │   ├── hg19.rsa │   │   └── hg19.sa │   ├── dbsnp_138.hg19.vcf │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── hg19.2bit │   ├── hg19.gtf │   ├── liftover │   │   ├── hg19ToHg18.over.chain │   │   ├── hg19ToHg38.over.chain │   │   ├── hg19ToMm10.over.chain │   │   └── hg19ToMm9.over.chain │   └── rsem │   ├── hg19.1.ebwt │   ├── hg19.2.ebwt │   ├── hg19.3.ebwt │   ├── hg19.4.ebwt │   ├── hg19.chrlist │   ├── hg19.grp │   ├── hg19.idx.fa │   ├── hg19.n2g.idx.fa │   ├── hg19.rev.1.ebwt │   ├── hg19.rev.2.ebwt │   ├── hg19.seq │   ├── hg19.ti │   └── hg19.transcripts.fa ├── hg38 │   ├── bowtie2 │   │   ├── hg38.1.bt2 │   │   ├── hg38.2.bt2 │   │   ├── hg38.3.bt2 │   │   ├── hg38.4.bt2 │   │   ├── hg38.rev.1.bt2 │   │   └── hg38.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── hg38.1.ebwt │   │   ├── hg38.2.ebwt │   │   ├── hg38.3.ebwt │   │   ├── hg38.4.ebwt │   │   ├── hg38.rev.1.ebwt │   │   └── hg38.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── hg38.amb │   │   ├── hg38.ann │   │   ├── hg38.bwt │   │   ├── hg38.pac │   │   ├── hg38.rbwt │   │   ├── hg38.rpac │   │   ├── hg38.rsa │   │   └── hg38.sa │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── hg38.2bit │   ├── hg38.gtf │   ├── Homo_sapiens.GRCh38.91.gff3 │   ├── liftover │   │   ├── hg38ToHg19.over.chain │   │   └── hg38ToMm10.over.chain │   └── rsem │   ├── hg38.1.ebwt │   ├── hg38.2.ebwt │   ├── hg38.3.ebwt │   ├── hg38.4.ebwt │   ├── hg38.chrlist │   ├── hg38.grp │   ├── hg38.idx.fa │   ├── hg38.n2g.idx.fa │   ├── hg38.seq │   ├── hg38.ti │   └── hg38.transcripts.fa ├── index_GATK_bundle │   ├── Homo_sapiens_assembly38 │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.dict │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta.amb │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta.ann │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta.bwt │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai │   │   ├── Homo_sapiens_assembly38.fasta.pac │   │   └── Homo_sapiens_assembly38.fasta.sa │   └── ucsc.hg19 │   ├── ucsc.hg19.dict │   ├── ucsc.hg19.fasta │   ├── ucsc.hg19.fasta.amb │   ├── ucsc.hg19.fasta.ann │   ├── ucsc.hg19.fasta.bwt │   ├── ucsc.hg19.fasta.fai │   ├── ucsc.hg19.fasta.pac │   └── ucsc.hg19.fasta.sa ├── location │   ├── all_fasta.loc │   ├── bowtie2_indices.loc │   ├── bowtie_indices.loc │   ├── bwa_index_color.loc │   ├── bwa_index.loc │   ├── bwa_mem_index.loc │   ├── fasta_indexes.loc │   ├── gene_sets.loc │   ├── lastz_seqs.loc │   ├── liftOver.loc │   ├── muse_index.loc │   ├── mutect2_indexes.loc │   ├── picard_index.loc │   ├── rRNA_databases.loc │   ├── rsem_indices.loc │   └── tool_data_table_conf.xml ├── mm10 │   ├── bowtie2 │   │   ├── mm10.1.bt2 │   │   ├── mm10.2.bt2 │   │   ├── mm10.3.bt2 │   │   ├── mm10.4.bt2 │   │   ├── mm10.rev.1.bt2 │   │   └── mm10.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── mm10.1.ebwt │   │   ├── mm10.2.ebwt │   │   ├── mm10.3.ebwt │   │   ├── mm10.4.ebwt │   │   ├── mm10.rev.1.ebwt │   │   └── mm10.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── mm10.fa │   │   ├── mm10.fa.amb │   │   ├── mm10.fa.ann │   │   ├── mm10.fa.bwt │   │   ├── mm10.fa.pac │   │   ├── mm10.fa.rbwt │   │   ├── mm10.fa.rpac │   │   ├── mm10.fa.rsa │   │   └── mm10.fa.sa │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── liftover │   │   ├── mm10ToHg19.over.chain │   │   └── mm10ToMm9.over.chain │   ├── mm10.2bit │   ├── mm10.gtf │   ├── Mus_musculus.GRCm38.91.gff3 │   └── rsem │   ├── mm10.1.ebwt │   ├── mm10.2.ebwt │   ├── mm10.3.ebwt │   ├── mm10.4.ebwt │   ├── mm10.chrlist │   ├── mm10.grp │   ├── mm10.idx.fa │   ├── mm10.n2g.idx.fa │   ├── mm10.rev.1.ebwt │   ├── mm10.rev.2.ebwt │   ├── mm10.seq │   ├── mm10.ti │   └── mm10.transcripts.fa ├── mm8 │   └── liftover │   ├── mm8ToHg18.over.chain │   ├── mm8ToMm10.over.chain │   └── mm8ToMm9.over.chain ├── mm9 │   ├── bowtie2 │   │   ├── mm9.1.bt2 │   │   ├── mm9.2.bt2 │   │   ├── mm9.3.bt2 │   │   ├── mm9.4.bt2 │   │   ├── mm9.rev.1.bt2 │   │   └── mm9.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── mm9.1.ebwt │   │   ├── mm9.2.ebwt │   │   ├── mm9.3.ebwt │   │   ├── mm9.4.ebwt │   │   ├── mm9.rev.1.ebwt │   │   └── mm9.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── mm9.fa.amb │   │   ├── mm9.fa.ann │   │   ├── mm9.fa.bwt │   │   ├── mm9.fa.pac │   │   ├── mm9.fa.rbwt │   │   ├── mm9.fa.rpac │   │   ├── mm9.fa.rsa │   │   └── mm9.fa.sa │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── liftover │   │   ├── mm9ToHg18.over.chain │   │   ├── mm9ToHg19.over.chain │   │   ├── mm9ToMm10.over.chain │   │   └── mm9ToMm8.over.chain │   ├── mm9.2bit │   ├── mm9.gtf │   └── rsem │   ├── mm9.1.ebwt │   ├── mm9.2.ebwt │   ├── mm9.3.ebwt │   ├── mm9.4.ebwt │   ├── mm9.chrlist │   ├── mm9.grp │   ├── mm9.idx.fa │   ├── mm9.n2g.idx.fa │   ├── mm9.rev.1.ebwt │   ├── mm9.rev.2.ebwt │   ├── mm9.seq │   ├── mm9.ti │   └── mm9.transcripts.fa ├── new_repository ├── rRNAdatabase │   ├── set5-database.fasta │   ├── set5-database.fasta.zip │   ├── set5-database-reindexed.bursttrie_0.dat │   ├── set5-database-reindexed.kmer_0.dat │   ├── set5-database-reindexed.pos_0.dat │   ├── set5-database-reindexed.stats │   ├── set6-database.fasta │   ├── set6-database.fasta.zip │   ├── set6-database-reindexed.bursttrie_0.dat │   ├── set6-database-reindexed.kmer_0.dat │   ├── set6-database-reindexed.pos_0.dat │   └── set6-database-reindexed.stats ├── sacCer1 │   └── liftover │   ├── sacCer1ToSacCer2.over.chain │   └── sacCer1ToSacCer3.over.chain ├── sacCer2 │   └── liftover │   └── sacCer2ToSacCer3.over.chain ├── sacCer3 │   ├── bowtie2 │   │   ├── genome.1.bt2 │   │   ├── genome.2.bt2 │   │   ├── genome.3.bt2 │   │   ├── genome.4.bt2 │   │   ├── genome.rev.1.bt2 │   │   └── genome.rev.2.bt2 │   ├── bowtie-index │   │   ├── sacCer3.1.ebwt │   │   ├── sacCer3.2.ebwt │   │   ├── sacCer3.3.ebwt │   │   ├── sacCer3.4.ebwt │   │   ├── sacCer3.rev.1.ebwt │   │   └── sacCer3.rev.2.ebwt │   ├── bwa_index │   │   ├── sacCer3.fa │   │   ├── sacCer3.fa.amb │   │   ├── sacCer3.fa.ann │   │   ├── sacCer3.fa.bwt │   │   ├── sacCer3.fa.pac │   │   ├── sacCer3.fa.rbwt │   │   ├── sacCer3.fa.rpac │   │   ├── sacCer3.fa.rsa │   │   └── sacCer3.fa.sa │   ├── genome.fa │   ├── genome.fa.fai │   ├── liftover │   │   └── sacCer3ToSacCer2.over.chain │   ├── rsem │   │   ├── SacCer3.1.ebwt │   │   ├── SacCer3.2.ebwt │   │   ├── SacCer3.3.ebwt │   │   ├── SacCer3.4.ebwt │   │   ├── SacCer3.chrlist │   │   ├── SacCer3.grp │   │   ├── SacCer3.idx.fa │   │   ├── SacCer3.n2g.idx.fa │   │   ├── SacCer3.rev.1.ebwt │   │   ├── SacCer3.rev.2.ebwt │   │   ├── SacCer3.seq │   │   ├── SacCer3.ti │   │   └── SacCer3.transcripts.fa │   ├── sacCer3.2bit │   ├── sacCer3.gtf │   └── Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.91.gff3 └── test-content