SA modificada para mixed solvents, cambios senalados por *
&cntrl
    imin=0,     ! =0 no llevar a cabo minimizacion
    irest=0,    ! Flag para reiniciar una simulacion; 0= no reiniciar
    iwrap=1,    ! cuando =1, realiza un wrap en favor de la visualizacion
    ntx=1,      ! para leer las coordenadas iniciales, vel y boxsize del inpcrd. 1=para comenzar
    ntb=1,      ! Controla el tipo de simulacion y el PME; =1 NVT =2 NPT
    cut=10.0,   ! Cutoff
    ntr=0,      ! Sin restricciones
    ntc=2,      ! Flag para activar el algoritmo SHAKE y restringir los enlaces con H
    ntf=2,      ! Tipo de evaluacion de fuerzas, =2 omite las interacciones enlazantes de los Hs
    tempi=0.0,  ! Temperatura inicial
    temp0=305.0,! Temperatura final o de referencia
    ntt=3,      ! Flag para el tipo de termostato a utilizar; =3 termostato de Langevin
    gamma_ln=1.0, ! Frecuencia de colición para evaluar T*
    nstlim=3000000, ! Numero de pasos de simulacion a realizar, equivalente a 3 ns
    dt=0.001,   ! The time step (psec). Recommended MAXIMUM is .002, 1 step = 1fs
    ntpr=10000, ! Intervalo de pasos para guardar informacion
    ntwx=10000, ! Intervalo para guardar las coordenadas en el mdcrd (.nc)
    ntwr=100000,! Cada x pasos se guarda un rst7 con los datos
    ntxo=1,     ! formato ASCII para el .rst7*
    ioutfm=1,   ! formato binario para la trayectoria
    nmropt=1,   ! Escalamiento programado de SA
/

! Simulated annealing: http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial5_amber11/section5.htm

! ##### Para calentar durante 3 ns, 1 fs por paso
! 1) calienta del paso 1 al paso 1 000 000 (0.5 ns 0K a 300K)
&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=500000, value1=0.0, value2=300 /
! 2) equilibra a 300K por 0.5ns
&wt type='TEMP0', istep1=500001, istep2=1000000, value1=300, value2=300 /
! 3) calienta a 400K por 0.5ns (0.5 ns, 300K a 400K)
&wt type='TEMP0', istep1=1000001, istep2=1500000, value1=300.0, value2=400 /
! 4) equilibra a 400K por 0.5ns
&wt type='TEMP0', istep1=1500001, istep2=2000000, value1=400, value2=400 /
! 5) enfria a 310K por 0.5ns (0.5 ns, 400K a 310K)
&wt type='TEMP0', istep1=2000001, istep2=2500000, value1=400.0, value2=305 /
! 6) mantiene a 310K por 0.5ns (0.5 ns, 310K)
&wt type='TEMP0', istep1=2500001, istep2=3000000, value1=310.0, value2=305 /

&wt type='END' /
~