sample,ontreads,hifireads,ref_fasta,ref_gff,shortread_F,shortread_R,paired
REF_SHORTREADS_PAIRED,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,Ref.fasta,Ref.gff3,SR_1.fastq.gz,SR_2.fastq.gz,true
REF_SHORTREADS_SE,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,Ref.fasta,Ref.gff3,SR_1.fastq.gz,,false
REF_NO_SHORTREADS,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,Ref.fasta,Ref.gff3,,,false
NO_REF_SHORTREADS_PAIRED,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,,,SR_1.fastq.gz,SR_2.fastq.gz,true
NO_REF_SHORTREADS_SE,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,,,SR_1.fastq.gz,,false
NO_REF_NO_SHORTREADS,ONT.fastq.gz,PacBio.fastq.gz,,,,,false