drwxr-xr-x	root/root	usr/
drwxr-xr-x	root/root	usr/bin/
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/einsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/fftns -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/fftnsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/ginsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/linsi -> mafft
-rwxr-xr-x	root/root	usr/bin/mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-distance -> ../lib/mafft/mafft-distance
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-einsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-fftns -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-fftnsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-ginsi -> mafft
-rwxr-xr-x	root/root	usr/bin/mafft-homologs.rb
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-linsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-nwns -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-nwnsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-profile -> ../lib/mafft/mafft-profile
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-qinsi -> mafft
-rwxr-xr-x	root/root	usr/bin/mafft-sparsecore.rb
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/mafft-xinsi -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/nwns -> mafft
lrwxrwxrwx	root/root	usr/bin/nwnsi -> mafft
drwxr-xr-x	root/root	usr/lib/
drwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/addsingle
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/contrafoldwrap
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/countlen
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/disttbfast
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/dndblast
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/dndfast7
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/dndpre
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/dvtditr
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/f2cl
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/filter
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/getlag
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/hex2maffttext
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/mafft-distance
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/mafft-profile
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/mafftash_premafft.pl
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/maffttext2hex
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/makedirectionlist
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/mccaskillwrap
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/multi2hat3s
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/mxscarnamod
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/nodepair
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/pairash
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/pairlocalalign
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/regtable2seq
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/replaceu
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/restoreu
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/score
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/seekquencer_premafft.pl
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/seq2regtable
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/setcore
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/setdirection
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/sextet5
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/splittbfast
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/tbfast
-rwxr-xr-x	root/root	usr/lib/mafft/version
drwxr-xr-x	root/root	usr/share/
drwxr-xr-x	root/root	usr/share/mafft/
drwxrwxr-x	root/root	usr/share/mafft/test/
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.dpparttree
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.fftns2
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.fftnsi
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.gins1
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.ginsi
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.ginsi.allowshift
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.lins1
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.linsi
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/sample.parttree
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/samplerna
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/samplerna.qinsi
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/samplerna.xinsi
-rw-r--r--	root/root	usr/share/mafft/test/script
drwxr-xr-x	root/root	usr/share/man/
drwxr-xr-x	root/root	usr/share/man/man1/
-rw-r--r--	root/root	usr/share/man/man1/mafft-homologs.1.gz
-rw-r--r--	root/root	usr/share/man/man1/mafft.1.gz