drwxr-xr-x root/root usr/ drwxr-xr-x root/root usr/lib/ drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/ drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/ drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/DESCRIPTION -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/INDEX -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/LICENSE drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/Rd.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/features.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/hsearch.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/links.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/nsInfo.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/package.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/Meta/vignette.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/NAMESPACE -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/NEWS.md drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/R/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/R/GeomxTools -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/R/GeomxTools.rdb -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/R/GeomxTools.rdx drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Developer_Introduction_to_the_NanoStringGeoMxSet.R -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Developer_Introduction_to_the_NanoStringGeoMxSet.Rmd -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Developer_Introduction_to_the_NanoStringGeoMxSet.html -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/GeomxSet_coercions.R -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/GeomxSet_coercions.Rmd -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/GeomxSet_coercions.html -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Protein_in_GeomxTools.R -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Protein_in_GeomxTools.Rmd -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/Protein_in_GeomxTools.html -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/doc/index.html drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/ drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-A12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-B12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-C12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-D12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-E12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-F12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G06.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G07.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G08.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G09.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G10.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G11.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-G12.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-H01.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-H02.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-H03.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-H04.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/DSP-1001250002642-H05.dcc -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/annotations.xlsx -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/demoData.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/fakeTesting_config.ini -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/pkcs.zip -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_NGS_Example_Data/version_example_pkc.zip drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_Proteogenomics_Example_Data/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_Proteogenomics_Example_Data/Annotation.xlsx -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_Proteogenomics_Example_Data/DCCs.zip -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_Proteogenomics_Example_Data/pkcs.zip -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/extdata/DSP_Proteogenomics_Example_Data/proteinData.rds drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/AnIndex -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/GeomxTools.rdb -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/GeomxTools.rdx -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/aliases.rds -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/help/paths.rds drwxr-xr-x root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/html/ -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/html/00Index.html -rw-r--r-- root/root usr/lib/R/library/GeomxTools/html/R.css