### R code from vignette source '15multivariate.Rnw' ## Copyright (C) Adrian Baddeley, Ege Rubak and Rolf Turner ################################################### ### code chunk number 1: 15multivariate.Rnw:9-10 ################################################### source("R/startup.R") ################################################### ### code chunk number 2: SprucesL.Rnw:3-5 ################################################### newplot(7.1, 0.9) setmargins(0,0.5,0,0) ################################################### ### code chunk number 3: 15multivariate.Rnw:133-134 ################################################### plot(spruces, main="", markscale=4) ################################################### ### code chunk number 4: Unit2L.Rnw:3-5 ################################################### newplot(13, 0.9) setmargins(0,4,0,0) ################################################### ### code chunk number 5: 15multivariate.Rnw:171-172 ################################################### setmargins(0,0.7,0,0) ################################################### ### code chunk number 6: 15multivariate.Rnw:176-177 ################################################### plot(finpines, main="", markscale=0.1, mar.panel=0, hsep=1.2) ################################################### ### code chunk number 7: fv2.Rnw:3-5 ################################################### newplot(12, 0.95) setmargins(0.5+c(3,3,0,1)) ################################################### ### code chunk number 8: 15multivariate.Rnw:216-220 ################################################### par(mfrow=c(1,2)) hist(marks(spruces), main="") hist(marks(longleaf), main="") par(mfrow=c(1,1)) ################################################### ### code chunk number 9: 15multivariate.Rnw:234-236 (eval = FALSE) ################################################### ## Hp <- anylapply(marks(finpines), hist, plot=FALSE) ## plot(Hp) ################################################### ### code chunk number 10: 15multivariate.Rnw:240-241 (eval = FALSE) ################################################### ## pairs(marks(finpines)) ################################################### ### code chunk number 11: 15multivariate.Rnw:244-246 (eval = FALSE) ################################################### ## pairs(marks(finpines), diag.panel=panel.histogram) ## with(marks(finpines), plot(diameter ~ height)) ################################################### ### code chunk number 12: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 13: 15multivariate.Rnw:257-258 ################################################### with(marks(finpines), plot(diameter ~ height)) ################################################### ### code chunk number 14: 15multivariate.Rnw:268-270 ################################################### vols <- with(marks(finpines), (pi/12) * height * diameter^2) X <- finpines %mark% vols ################################################### ### code chunk number 15: 15multivariate.Rnw:289-290 (eval = FALSE) ################################################### ## pairs(as.data.frame(longleaf)) ################################################### ### code chunk number 16: 15multivariate.Rnw:311-312 ################################################### Y <- cut(longleaf, breaks=c(0, 30, Inf), labels=c("J","A")) ################################################### ### code chunk number 17: Unit.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.7) setmargins(0) ################################################### ### code chunk number 18: 15multivariate.Rnw:325-327 ################################################### X <- cut(longleaf,breaks=c(0,30,Inf),right=FALSE,labels=c("J","A")) plot(X,main="",chars=c(20,1)) ################################################### ### code chunk number 19: 15multivariate.Rnw:351-352 (eval = FALSE) ################################################### ## NB <- cut(nbfires, "fnl.size", breaks=4) ################################################### ### code chunk number 20: 15multivariate.Rnw:360-361 ################################################### big.old <- subset(nbfires, fnl.size > 10 & dis.date < "2001-01-01") ################################################### ### code chunk number 21: 15multivariate.Rnw:368-370 ################################################### longsmooth <- Smooth(longleaf, bw.smoothppp) longnear <- nnmark(longleaf) ################################################### ### code chunk number 22: 15multivariate.Rnw:396-397 (eval = FALSE) ################################################### ## longsmooth <- Smooth(longleaf, bw.smoothppp) ################################################### ### code chunk number 23: Unit2R.Rnw:3-5 ################################################### newplot(13, 0.9) setmargins(0,0,0,4) ################################################### ### code chunk number 24: 15multivariate.Rnw:408-411 ################################################### plot(solist(longsmooth, longnear), main="", main.panel="", equal.ribbon=TRUE, mar.panel=0, hsep=1) ################################################### ### code chunk number 25: 15multivariate.Rnw:496-497 ################################################### msd <- sqrt(markvar(longleaf, bw.smoothppp)) ################################################### ### code chunk number 26: 15multivariate.Rnw:503-511 ################################################### mfit <- Smooth(longleaf, bw.smoothppp, at="points") res <- marks(longleaf) - mfit stuff <- solist(layered(msd, plotargs=list(ribside="bottom")), layered(setmarks(longleaf, res), plotargs=list(leg.side="bottom")), layered(idw(longleaf), plotargs=list(ribside="bottom"))) ################################################### ### code chunk number 27: 15multivariate.Rnw:516-517 ################################################### setmargins(0) ################################################### ### code chunk number 28: 15multivariate.Rnw:522-525 ################################################### plot(stuff, main="", main.panel="", equal.scales=TRUE, valign=TRUE, mar.panel=c(1,0,0,0), hsep=0.5) ################################################### ### code chunk number 29: 15multivariate.Rnw:541-541 ################################################### ################################################### ### code chunk number 30: 15multivariate.Rnw:553-555 (eval = FALSE) ################################################### ## mfit <- Smooth(longleaf, bw.smoothppp, at="points") ## res <- marks(longleaf) - mfit ################################################### ### code chunk number 31: 15multivariate.Rnw:703-705 (eval = FALSE) ################################################### ## envelope(spruces, markcorr, nsim=39, ## simulate=expression(rlabel(spruces))) ################################################### ### code chunk number 32: 15multivariate.Rnw:713-716 ################################################### set.seed(27291) emcs <- envelope(spruces, markcorr, nsim=39, simulate=expression(rlabel(spruces))) ################################################### ### code chunk number 33: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 34: 15multivariate.Rnw:722-724 ################################################### plot(emcs, main="", ylim.covers=c(0.5, 1.1), legendpos="top", legendargs=list(cex=0.85)) ################################################### ### code chunk number 35: 15multivariate.Rnw:787-792 ################################################### set.seed(6876109) smki <- Kmark(spruces, returnL=TRUE) smke <- envelope(spruces, Kmark, returnL=TRUE, simulate=expression(rlabel(spruces)), nsim=1999, nrank=50, savefuns=TRUE) ################################################### ### code chunk number 36: PromptOff.Rnw:1-2 ################################################### options(prompt=" ") ################################################### ### code chunk number 37: 15multivariate.Rnw:798-799 (eval = FALSE) ################################################### ## Kmark(X, f, ...) ################################################### ### code chunk number 38: PromptOn.Rnw:1-2 ################################################### options(prompt="> ") ################################################### ### code chunk number 39: 15multivariate.Rnw:808-812 (eval = FALSE) ################################################### ## smki <- Kmark(spruces, returnL=TRUE) ## smke <- envelope(spruces, Kmark, returnL=TRUE, ## simulate=expression(rlabel(spruces)), ## nsim=1999, nrank=50, savefuns=TRUE) ################################################### ### code chunk number 40: fv2.Rnw:3-5 ################################################### newplot(12, 0.95) setmargins(0.5+c(3,3,0,1)) ################################################### ### code chunk number 41: 15multivariate.Rnw:824-827 ################################################### plot(anylist(smki, smke), main.panel="", main="", panel.args=function(i) if(i == 1) list() else list(. - mmean ~ r), legend=FALSE) ################################################### ### code chunk number 42: 15multivariate.Rnw:847-849 ################################################### Lspruce <- Lest(spruces) diffL <- eval.fv(smki - Lspruce) ################################################### ### code chunk number 43: 15multivariate.Rnw:902-903 ################################################### mv <- markvario(spruces) ################################################### ### code chunk number 44: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 45: 15multivariate.Rnw:908-909 ################################################### plot(mv, main="", legendpos="top") ################################################### ### code chunk number 46: 15multivariate.Rnw:951-953 ################################################### ES <- Emark(spruces) VS <- Vmark(spruces) ################################################### ### code chunk number 47: fv2.Rnw:3-5 ################################################### newplot(12, 0.95) setmargins(0.5+c(3,3,0,1)) ################################################### ### code chunk number 48: 15multivariate.Rnw:958-960 ################################################### plot(anylist(ES, VS), main="", main.panel="", panel.args=function(i) list(ylim.covers=if(i==1) c(0,0.3) else 0)) ################################################### ### code chunk number 49: 15multivariate.Rnw:984-985 ################################################### nnmean(spruces) ################################################### ### code chunk number 50: 15multivariate.Rnw:997-998 ################################################### nnvario(spruces) ################################################### ### code chunk number 51: 15multivariate.Rnw:1029-1031 ################################################### nncorr(spruces) nncorr(finpines) ################################################### ### code chunk number 52: 15multivariate.Rnw:1043-1045 ################################################### rr <- nncorr(spruces)[["correlation"]] sqrt(2 * (1-rr^2)/(npoints(spruces)-4)) ################################################### ### code chunk number 53: Unit.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.7) setmargins(0) ################################################### ### code chunk number 54: 15multivariate.Rnw:1078-1080 ################################################### X <- osteo$pts[[36]] plot(X, main="", pch=21, bg='white', cex=1.2) ################################################### ### code chunk number 55: 15multivariate.Rnw:1136-1137 ################################################### X <- osteo$pts[[36]] ################################################### ### code chunk number 56: 15multivariate.Rnw:1145-1149 (eval = FALSE) ################################################### ## copyExampleFiles("osteo") ## xyz <- read.table("osteo36.txt", header=TRUE) ## b <- box3(c(0,81),c(0,100),c(-100,0),unitname=c("micron", "microns")) ## X <- with(xyz, pp3(x, y, z, b)) ################################################### ### code chunk number 57: 15multivariate.Rnw:1151-1153 ################################################### X summary(X) ################################################### ### code chunk number 58: 15multivariate.Rnw:1199-1200 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(X, main="", pch=21, bg='white', cex=1.2) ################################################### ### code chunk number 59: PromptOff.Rnw:1-2 ################################################### options(prompt=" ") ################################################### ### code chunk number 60: 15multivariate.Rnw:1270-1271 (eval = FALSE) ################################################### ## K3est(X, ..., rmax, nrval, correction) ################################################### ### code chunk number 61: PromptOn.Rnw:1-2 ################################################### options(prompt="> ") ################################################### ### code chunk number 62: 15multivariate.Rnw:1284-1286 ################################################### KX <- K3est(X) EK <- envelope(X, K3est, nsim=1999, nrank=50, nrval=512) ################################################### ### code chunk number 63: fv2.Rnw:3-5 ################################################### newplot(12, 0.95) setmargins(0.5+c(3,3,0,1)) ################################################### ### code chunk number 64: 15multivariate.Rnw:1292-1297 ################################################### pan <- function(i) { if(i == 1) list() else list(fmla= sqrt(.) ~ r, legendargs=list(cex=0.85)) } plot(anylist(KX, EK), main="", main.panel="", mar.panel=c(3,3,0,0), hsep=2, panel.args=pan) ################################################### ### code chunk number 65: 15multivariate.Rnw:1340-1342 (eval = FALSE) ################################################### ## E <- envelope(X, K3est, nsim=1999, nrank=50, nrval=512) ## plot(E, sqrt(.) ~ r) ################################################### ### code chunk number 66: 15multivariate.Rnw:1380-1381 ################################################### p3 <- pcf3est(X) ################################################### ### code chunk number 67: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 68: 15multivariate.Rnw:1386-1387 ################################################### plot(p3, main="") ################################################### ### code chunk number 69: 15multivariate.Rnw:1425-1426 ################################################### G3 <- G3est(X) ################################################### ### code chunk number 70: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 71: 15multivariate.Rnw:1431-1432 ################################################### plot(G3, main="", legend=FALSE) ################################################### ### code chunk number 72: 15multivariate.Rnw:1449-1452 ################################################### v <- eroded.volumes(domain(X), c(0, 10, 20, 30)) f <- v/v[1] round(f, 2) ################################################### ### code chunk number 73: 15multivariate.Rnw:1530-1531 ################################################### F3 <- F3est(X, sphere="digital") ################################################### ### code chunk number 74: fv.Rnw:3-5 ################################################### newplot(6, 0.5) setmargins(0.5+c(3,3,1,0)) ################################################### ### code chunk number 75: 15multivariate.Rnw:1537-1538 ################################################### plot(F3, main="") ################################################### ### code chunk number 76: 15multivariate.Rnw:1615-1622 ################################################### df <- data.frame(x=runif(100, max=3), y=runif(100, max=3), z=runif(100, max=2), t=runif(100)) bb <- boxx(c(0,3), c(0,3), c(0,2), c(0,1)) X <- ppx(data=df, domain=bb, coord.type=c("s","s", "s", "t")) X ################################################### ### code chunk number 77: 15multivariate.Rnw:1631-1633 ################################################### marks(X) <- with(as.hyperframe(df), disc(centre=c(x,y))) X