{ "metadata": { "name": "" }, "nbformat": 3, "nbformat_minor": 0, "worksheets": [ { "cells": [ { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "De novo Assembly" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "Here are two files to be used for de novo assembly" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "#file filtered_106A_Female_Mix_GATCAG_L004_R1.fastq\n", "from IPython.display import IFrame\n", "IFrame('http://de.iplantcollaborative.org/dl/6ffe582a-6920-468a-a234-92893412c49a', width=1000, height=350)" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "\n", " \n", " " ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 6, "text": [ "" ] } ], "prompt_number": 6 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "#file filtered_106A_Female_Mix_GATCAG_L004_R2.fastq\n", "from IPython.display import IFrame\n", "IFrame('http://de.iplantcollaborative.org/dl/d1ce64ee-4a53-4799-b93a-03c05eb4439b', width=1000, height=350)" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "\n", " \n", " " ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 7, "text": [ "" ] } ], "prompt_number": 7 }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "Running Trinity on Iplant" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "cd /Volumes/web/whale/fish546/" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "/Volumes/web/whale/fish546\n" ] } ], "prompt_number": 7 }, { "cell_type": "raw", "metadata": {}, "source": [ "!iget -r Trinity_r2013-08-14_analysis1-2014-02-08-20-44-13.233" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "from IPython.display import IFrame\n", "IFrame('http://de.iplantcollaborative.org/dl/bcbac543-5778-4826-87d4-aadf6e4a1540', width=1000, height=350)\n", "\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "\n", " \n", " " ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 10, "text": [ "" ] } ], "prompt_number": 10 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "pwd" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 11, "text": [ "u'/Users/sr320/Dropbox/Steven/ipython_nb/fish546'" ] } ], "prompt_number": 11 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "cd /Volumes/web/cnidarian/" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "/Volumes/web/cnidarian\n" ] } ], "prompt_number": 12 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!curl -o 'fish546_14_Trinity.fasta' 'http://de.iplantcollaborative.org/dl/d/bcbac543-5778-4826-87d4-aadf6e4a1540/Trinity.fasta'" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current\r\n", " Dload Upload Total Spent Left Speed\r\n", "\r", " 0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", " 0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 0" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1149 0 1149 0 0 590 0 --:--:-- 0:00:01 --:--:-- 750" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 389k 0 389k 0 0 134k 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 156k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 420k 0 420k 0 0 103k 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 115k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 664k 0 664k 0 0 135k 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 148k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 921k 0 921k 0 0 155k 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 207k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1537k 0 1537k 0 0 220k 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 305k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1637k 0 1637k 0 0 207k 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 249k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1817k 0 1817k 0 0 204k 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 289k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2096k 0 2096k 0 0 211k 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 285k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2663k 0 2663k 0 0 243k 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 346k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2940k 0 2940k 0 0 246k 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 284k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3009k 0 3009k 0 0 222k 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 243k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3041k 0 3041k 0 0 218k 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 242k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3220k 0 3220k 0 0 215k 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 224k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3534k 0 3534k 0 0 222k 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 175k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3948k 0 3948k 0 0 233k 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 201k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4065k 0 4065k 0 0 227k 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 241k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4278k 0 4278k 0 0 226k 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 249k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4724k 0 4724k 0 0 237k 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 302k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5345k 0 5345k 0 0 254k 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 357k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5557k 0 5557k 0 0 253k 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 322k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5681k 0 5681k 0 0 247k 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 321k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5889k 0 5889k 0 0 245k 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 319k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6288k 0 6288k 0 0 252k 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 311k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6659k 0 6659k 0 0 257k 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 266k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6749k 0 6749k 0 0 250k 0 --:--:-- 0:00:26 --:--:-- 237k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6780k 0 6780k 0 0 242k 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 221k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7124k 0 7124k 0 0 246k 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 248k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7447k 0 7447k 0 0 249k 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 232k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7796k 0 7796k 0 0 252k 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 227k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8124k 0 8124k 0 0 254k 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 276k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8449k 0 8449k 0 0 256k 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8612k 0 8612k 0 0 246k 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 245k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8924k 0 8924k 0 0 194k 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 94696" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9437k 0 9437k 0 0 205k 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9720k 0 9720k 0 0 207k 0 --:--:-- 0:00:46 --:--:-- 106k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9.8M 0 9.8M 0 0 209k 0 --:--:-- 0:00:47 --:--:-- 105k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.1M 0 10.1M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:00:48 --:--:-- 128k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.5M 0 10.5M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:00:49 --:--:-- 472k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.9M 0 10.9M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:00:50 --:--:-- 361k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.3M 0 11.3M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:00:51 --:--:-- 378k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.5M 0 11.5M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:00:52 --:--:-- 364k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.8M 0 11.8M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:00:53 --:--:-- 352k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.4M 0 12.4M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:00:54 --:--:-- 372k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.5M 0 12.5M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:00:55 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.6M 0 12.6M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 248k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.6M 0 12.6M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 228k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.8M 0 12.8M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:00:58 --:--:-- 198k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.1M 0 13.1M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:00:59 --:--:-- 147k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.6M 0 13.6M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:01:00 --:--:-- 219k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.9M 0 13.9M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:01:01 --:--:-- 301k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.3M 0 14.3M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:01:02 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.6M 0 14.6M 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 234k 0 --:--:-- 0:01:03 --:--:-- 365k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.9M 0 14.9M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 365k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.2M 0 15.2M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.5M 0 15.5M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:01:06 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.8M 0 15.8M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:01:07 --:--:-- 309k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.0M 0 16.0M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:01:08 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.3M 0 16.3M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:01:09 --:--:-- 292k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.5M 0 16.5M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 228k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.5M 0 16.5M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 202k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.6M 0 16.6M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 160k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.7M 0 16.7M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 108k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.9M 0 16.9M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 130k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.2M 0 17.2M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 181k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.3M 0 17.3M 0 0 203k 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 52233" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.9M 0 17.9M 0 0 208k 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 91242" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.1M 0 18.1M 0 0 208k 0 --:--:-- 0:01:28 --:--:-- 102k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.3M 0 18.3M 0 0 209k 0 --:--:-- 0:01:29 --:--:-- 97853" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.6M 0 18.6M 0 0 210k 0 --:--:-- 0:01:30 --:--:-- 97665" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.9M 0 18.9M 0 0 211k 0 --:--:-- 0:01:31 --:--:-- 362k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.2M 0 19.2M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:01:32 --:--:-- 270k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.5M 0 19.5M 0 0 213k 0 --:--:-- 0:01:33 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 20.1M 0 20.1M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:01:34 --:--:-- 357k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 20.7M 0 20.7M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:01:35 --:--:-- 421k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.0M 0 21.0M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:01:36 --:--:-- 433k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.3M 0 21.3M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:01:37 --:--:-- 426k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.6M 0 21.6M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:01:38 --:--:-- 411k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.8M 0 21.8M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:01:39 --:--:-- 350k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.9M 0 21.9M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:01:41 --:--:-- 217k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.0M 0 22.0M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 176k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.1M 0 22.1M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 178k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.5M 0 22.5M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:01:43 --:--:-- 191k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.8M 0 22.8M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:01:44 --:--:-- 213k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.2M 0 23.2M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:01:45 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.5M 0 23.5M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:01:46 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.9M 0 23.9M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:01:47 --:--:-- 350k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.2M 0 24.2M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:01:48 --:--:-- 345k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.5M 0 24.5M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:01:49 --:--:-- 342k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.8M 0 24.8M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:01:50 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.9M 0 24.9M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:01:51 --:--:-- 289k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.1M 0 25.1M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:01:52 --:--:-- 250k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.3M 0 25.3M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 171k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.7M 0 25.7M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 205k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.3M 0 26.3M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:01:58 --:--:-- 200k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.4M 0 26.4M 0 0 208k 0 --:--:-- 0:02:09 --:--:-- 86066" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.9M 0 26.9M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:02:09 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.2M 0 27.2M 0 0 213k 0 --:--:-- 0:02:10 --:--:-- 126k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.7M 0 27.7M 0 0 214k 0 --:--:-- 0:02:12 --:--:-- 122k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.7M 0 27.7M 0 0 213k 0 --:--:-- 0:02:13 --:--:-- 98k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.8M 0 27.8M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:02:13 --:--:-- 352k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.2M 0 28.2M 0 0 214k 0 --:--:-- 0:02:14 --:--:-- 267k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.5M 0 28.5M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:02:15 --:--:-- 271k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.9M 0 28.9M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:02:16 --:--:-- 270k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.0M 0 29.0M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:02:17 --:--:-- 284k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.1M 0 29.1M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:02:18 --:--:-- 271k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.4M 0 29.4M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:02:19 --:--:-- 237k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.8M 0 29.8M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:02:20 --:--:-- 259k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.1M 0 30.1M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:02:21 --:--:-- 265k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.5M 0 30.5M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:02:22 --:--:-- 321k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.9M 0 30.9M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:02:23 --:--:-- 359k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.3M 0 31.3M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:02:24 --:--:-- 390k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.5M 0 31.5M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:02:25 --:--:-- 347k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.7M 0 31.7M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:02:26 --:--:-- 318k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.7M 0 31.7M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:02:27 --:--:-- 247k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.8M 0 31.8M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:02:29 --:--:-- 190k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.1M 0 32.1M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:02:29 --:--:-- 172k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.4M 0 32.4M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:02:30 --:--:-- 192k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.7M 0 32.7M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:02:31 --:--:-- 209k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.0M 0 33.0M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:02:32 --:--:-- 267k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.4M 0 33.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:02:33 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.7M 0 33.7M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:02:34 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.0M 0 34.0M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:02:35 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.3M 0 34.3M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:02:36 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.4M 0 34.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:02:38 --:--:-- 241k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.8M 0 34.8M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:02:38 --:--:-- 282k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.1M 0 35.1M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:02:39 --:--:-- 293k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.2M 0 35.2M 0 0 210k 0 --:--:-- 0:02:51 --:--:-- 77698" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.7M 0 35.7M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:02:51 --:--:-- 96755" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.0M 0 36.0M 0 0 213k 0 --:--:-- 0:02:52 --:--:-- 117k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.4M 0 36.4M 0 0 214k 0 --:--:-- 0:02:53 --:--:-- 111k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.7M 0 36.7M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:02:54 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.2M 0 37.2M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:02:55 --:--:-- 467k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.5M 0 37.5M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:02:56 --:--:-- 359k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.7M 0 37.7M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:02:57 --:--:-- 349k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.0M 0 38.0M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:02:59 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.1M 0 38.1M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:02:59 --:--:-- 268k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.3M 0 38.3M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:03:00 --:--:-- 235k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.6M 0 38.6M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:03:01 --:--:-- 231k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.9M 0 38.9M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:03:02 --:--:-- 232k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.3M 0 39.3M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:03 --:--:-- 300k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.8M 0 39.8M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:04 --:--:-- 360k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.9M 0 39.9M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:05 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 40.1M 0 40.1M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:06 --:--:-- 307k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 40.5M 0 40.5M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:08 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.0M 0 41.0M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:08 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.4M 0 41.4M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:09 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.7M 0 41.7M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:10 --:--:-- 369k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.0M 0 42.0M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:11 --:--:-- 386k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.1M 0 42.1M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:12 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.3M 0 42.3M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:13 --:--:-- 267k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.4M 0 42.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:15 --:--:-- 184k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.6M 0 42.6M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:15 --:--:-- 175k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 43.0M 0 43.0M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:16 --:--:-- 206k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 43.2M 0 43.2M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:18 --:--:-- 181k\r", "100 43.4M 0 43.4M 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 223k 0 --:--:-- 0:03:18 --:--:-- 236k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.0M 0 44.0M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:03:19 --:--:-- 350k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.2M 0 44.2M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:21 --:--:-- 281k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.5M 0 44.5M 0 0 212k 0 --:--:-- 0:03:34 --:--:-- 88917" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.1M 0 45.1M 0 0 214k 0 --:--:-- 0:03:34 --:--:-- 120k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.3M 0 45.3M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:03:35 --:--:-- 114k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.8M 0 45.8M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:03:36 --:--:-- 103k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 46.6M 0 46.6M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:37 --:--:-- 155k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.0M 0 47.0M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:38 --:--:-- 552k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.2M 0 47.2M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:39 --:--:-- 429k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.3M 0 47.3M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:40 --:--:-- 412k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.6M 0 47.6M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:41 --:--:-- 368k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.0M 0 48.0M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:42 --:--:-- 290k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.3M 0 48.3M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:44 --:--:-- 244k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.3M 0 48.3M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:03:45 --:--:-- 222k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.5M 0 48.5M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:45 --:--:-- 250k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.9M 0 48.9M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:03:46 --:--:-- 273k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.2M 0 49.2M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:03:47 --:--:-- 242k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.5M 0 49.5M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:03:48 --:--:-- 284k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.9M 0 49.9M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:49 --:--:-- 344k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.2M 0 50.2M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:50 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.4M 0 50.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:51 --:--:-- 301k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.5M 0 50.5M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:52 --:--:-- 269k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.9M 0 50.9M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:03:53 --:--:-- 267k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.5M 0 51.5M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:54 --:--:-- 316k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.6M 0 51.6M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:55 --:--:-- 290k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.8M 0 51.8M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:56 --:--:-- 289k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.0M 0 52.0M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:03:57 --:--:-- 303k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.2M 0 52.2M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:59 --:--:-- 233k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.2M 0 52.2M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:03:59 --:--:-- 157k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.4M 0 52.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:00 --:--:-- 151k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.5M 0 52.5M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:02 --:--:-- 121k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.9M 0 52.9M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:04:02 --:--:-- 176k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 53.3M 0 53.3M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:03 --:--:-- 275k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 53.4M 0 53.4M 0 0 213k 0 --:--:-- 0:04:16 --:--:-- 77534" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 54.1M 0 54.1M 0 0 215k 0 --:--:-- 0:04:16 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 54.8M 0 54.8M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:04:17 --:--:-- 157k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.5M 0 55.5M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:04:19 --:--:-- 164k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.6M 0 55.6M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:04:19 --:--:-- 143k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.8M 0 55.8M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:04:20 --:--:-- 508k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 56.1M 0 56.1M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:04:21 --:--:-- 424k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 56.7M 0 56.7M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:22 --:--:-- 390k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.1M 0 57.1M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:23 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.4M 0 57.4M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:24 --:--:-- 382k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.8M 0 57.8M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:25 --:--:-- 408k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.9M 0 57.9M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:26 --:--:-- 357k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.1M 0 58.1M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:27 --:--:-- 272k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.3M 0 58.3M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:04:28 --:--:-- 253k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.6M 0 58.6M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:30 --:--:-- 204k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.6M 0 58.6M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:30 --:--:-- 171k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.9M 0 58.9M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:31 --:--:-- 197k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.0M 0 59.0M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:32 --:--:-- 195k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.2M 0 59.2M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:33 --:--:-- 179k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.5M 0 59.5M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:04:34 --:--:-- 214k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.1M 0 60.1M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:04:35 --:--:-- 307k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.5M 0 60.5M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:36 --:--:-- 344k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.7M 0 60.7M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:04:37 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.9M 0 60.9M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:04:38 --:--:-- 346k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.3M 0 61.3M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:39 --:--:-- 383k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.4M 0 61.4M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:04:41 --:--:-- 242k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.7M 0 61.7M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:41 --:--:-- 245k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.3M 0 62.3M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:04:42 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.4M 0 62.4M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:44 --:--:-- 263k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.6M 0 62.6M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:04:46 --:--:-- 215k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.7M 0 62.7M 0 0 216k 0 --:--:-- 0:04:57 --:--:-- 83690" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.3M 0 63.3M 0 0 217k 0 --:--:-- 0:04:57 --:--:-- 102k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.6M 0 63.6M 0 0 218k 0 --:--:-- 0:04:58 --:--:-- 84256" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.9M 0 63.9M 0 0 218k 0 --:--:-- 0:04:59 --:--:-- 103k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.2M 0 64.2M 0 0 218k 0 --:--:-- 0:05:00 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.4M 0 64.4M 0 0 218k 0 --:--:-- 0:05:01 --:--:-- 371k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.7M 0 64.7M 0 0 218k 0 --:--:-- 0:05:02 --:--:-- 281k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.1M 0 65.1M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:05:03 --:--:-- 293k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.4M 0 65.4M 0 0 219k 0 --:--:-- 0:05:04 --:--:-- 296k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.7M 0 65.7M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:05:05 --:--:-- 297k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.0M 0 66.0M 0 0 220k 0 --:--:-- 0:05:06 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.4M 0 66.4M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:05:07 --:--:-- 347k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.8M 0 66.8M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:05:08 --:--:-- 356k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.0M 0 67.0M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:05:09 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.3M 0 67.3M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:05:10 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.5M 0 67.5M 0 0 221k 0 --:--:-- 0:05:11 --:--:-- 298k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.0M 0 68.0M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:12 --:--:-- 313k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.2M 0 68.2M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:13 --:--:-- 279k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.5M 0 68.5M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:14 --:--:-- 302k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.5M 0 68.5M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:16 --:--:-- 241k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.7M 0 68.7M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:16 --:--:-- 243k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.0M 0 69.0M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:17 --:--:-- 217k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.2M 0 69.2M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:18 --:--:-- 221k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.6M 0 69" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ ".6M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:19 --:--:-- 220k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.9M 0 69.9M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:05:20 --:--:-- 279k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 70.3M 0 70.3M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:05:21 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 70.5M 0 70.5M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:05:22 --:--:-- 313k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.1M 0 71.1M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:05:23 --:--:-- 379k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.5M 0 71.5M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:05:24 --:--:-- 410k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.7M 0 71.7M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:05:27 --:--:-- 290k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.9M 0 71.9M 0 0 222k 0 --:--:-- 0:05:31 --:--:-- 175k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 72.4M 0 72.4M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:05:31 --:--:-- 212k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 72.7M 0 72.7M 0 0 223k 0 --:--:-- 0:05:32 --:--:-- 182k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 73.3M 0 73.3M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:05:33 --:--:-- 195k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 73.6M 0 73.6M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:05:34 --:--:-- 259k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.3M 0 74.3M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:05:35 --:--:-- 539k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.5M 0 74.5M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:05:36 --:--:-- 431k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.7M 0 74.7M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:05:37 --:--:-- 403k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.9M 0 74.9M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:05:38 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 75.4M 0 75.4M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:39 --:--:-- 371k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 75.9M 0 75.9M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:40 --:--:-- 317k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.3M 0 76.3M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:41 --:--:-- 369k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.7M 0 76.7M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:05:42 --:--:-- 404k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.0M 0 77.0M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:05:43 --:--:-- 422k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.1M 0 77.1M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:45 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.2M 0 77.2M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:46 --:--:-- 260k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.2M 0 77.2M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:46 --:--:-- 183k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.4M 0 77.4M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:47 --:--:-- 143k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.5M 0 77.5M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:48 --:--:-- 115k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.6M 0 77.6M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:49 --:--:-- 105k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.8M 0 77.8M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:50 --:--:-- 131k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 78.1M 0 78.1M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:05:51 --:--:-- 175k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 78.6M 0 78.6M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:52 --:--:-- 261k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 79.1M 0 79.1M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:05:53 --:--:-- 315k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 79.5M 0 79.5M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:05:54 --:--:-- 385k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.1M 0 80.1M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:05:55 --:--:-- 465k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.5M 0 80.5M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:05:56 --:--:-- 496k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.8M 0 80.8M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:05:57 --:--:-- 447k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.0M 0 81.0M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:05:58 --:--:-- 399k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.3M 0 81.3M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:00 --:--:-- 312k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.3M 0 81.3M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:00 --:--:-- 256k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.3M 0 81.3M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:06:08 --:--:-- 76457" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.9M 0 81.9M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:08 --:--:-- 105k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 82.1M 0 82.1M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:09 --:--:-- 103k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 82.6M 0 82.6M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:10 --:--:-- 134k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.0M 0 83.0M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:11 --:--:-- 152k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.3M 0 83.3M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:12 --:--:-- 416k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.6M 0 83.6M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:13 --:--:-- 345k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.0M 0 84.0M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:14 --:--:-- 374k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.2M 0 84.2M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:15 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.4M 0 84.4M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:16 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.5M 0 84.5M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:17 --:--:-- 258k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.8M 0 84.8M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:18 --:--:-- 235k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.8M 0 84.8M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:19 --:--:-- 176k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.9M 0 84.9M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:20 --:--:-- 133k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 85.3M 0 85.3M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:21 --:--:-- 189k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 85.7M 0 85.7M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:22 --:--:-- 230k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 86.0M 0 86.0M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:23 --:--:-- 252k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 86.3M 0 86.3M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:24 --:--:-- 301k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 86.6M 0 86.6M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:06:25 --:--:-- 357k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 87.0M 0 87.0M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:26 --:--:-- 349k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 87.4M 0 87.4M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:27 --:--:-- 345k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 87.7M 0 87.7M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:28 --:--:-- 345k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 88.1M 0 88.1M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:29 --:--:-- 355k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 88.4M 0 88.4M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:31 --:--:-- 360k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 88.7M 0 88.7M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:31 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 88.9M 0 88.9M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:32 --:--:-- 316k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.0M 0 89.0M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:33 --:--:-- 271k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.2M 0 89.2M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:34 --:--:-- 236k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.3M 0 89.3M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:06:35 --:--:-- 181k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.3M 0 89.3M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:37 --:--:-- 116k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.6M 0 89.6M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:06:37 --:--:-- 143k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 89.7M 0 89.7M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:06:49 --:--:-- 45346" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 90.4M 0 90.4M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:06:49 --:--:-- 79502" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 90.9M 0 90.9M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:06:50 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 91.2M 0 91.2M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:06:51 --:--:-- 133k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 91.5M 0 91.5M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:52 --:--:-- 132k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 91.8M 0 91.8M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:53 --:--:-- 469k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 92.2M 0 92.2M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:54 --:--:-- 376k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 92.5M 0 92.5M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:55 --:--:-- 318k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 92.7M 0 92.7M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:06:56 --:--:-- 318k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 93.0M 0 93.0M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:57 --:--:-- 302k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 93.3M 0 93.3M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:58 --:--:-- 297k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 93.6M 0 93.6M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:06:59 --:--:-- 290k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 94.1M 0 94.1M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:00 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 94.5M 0 94.5M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:01 --:--:-- 369k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 94.6M 0 94.6M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:02 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 94.8M 0 94.8M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:03 --:--:-- 314k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 95.2M 0 95.2M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:04 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 95.4M 0 95.4M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:06 --:--:-- 243k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 95.4M 0 95.4M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:06 --:--:-- 172k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 95.7M 0 95.7M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:07 --:--:-- 225k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 96.1M 0 96.1M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:08 --:--:-- 253k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 96.2M 0 96.2M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:09 --:--:-- 204k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 96.4M 0 96.4M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:10 --:--:-- 230k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 96.6M 0 96.6M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:11 --:--:-- 256k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 97.3M 0 97.3M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:12 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 97.7M 0 97.7M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:15 --:--:-- 269k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 98.0M 0 98.0M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:15 --:--:-- 295k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 98.2M 0 98.2M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:16 --:--:-- 306k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 98.6M 0 98.6M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:17 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 98.7M 0 98.7M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:20 --:--:-- 188k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 99.0M 0 99.0M 0 0 224k 0 --:--:-- 0:07:31 --:--:-- 80513" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 99.5M 0 99.5M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:07:31 --:--:-- 99730" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 99.9M 0 99.9M 0 0 225k 0 --:--:-- 0:07:32 --:--:-- 108k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 100M 0 100M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:07:33 --:--:-- 101k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 100M 0 100M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:07:34 --:--:-- 126k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 100M 0 100M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:07:35 --:--:-- 449k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 101M 0 101M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:07:36 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 101M 0 101M 0 0 226k 0 --:--:-- 0:07:37 --:--:-- 320k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 101M 0 101M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:07:38 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 102M 0 102M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:07:39 --:--:-- 349k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 102M 0 102M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:40 --:--:-- 366k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 103M 0 103M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:41 --:--:-- 382k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 103M 0 103M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:42 --:--:-- 382k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 103M 0 103M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:43 --:--:-- 356k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 103M 0 103M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:44 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 104M 0 104M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:07:45 --:--:-- 311k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 104M 0 104M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:46 --:--:-- 291k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 104M 0 104M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:07:47 --:--:-- 315k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 105M 0 105M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:07:48 --:--:-- 393k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 106M 0 106M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:49 --:--:-- 448k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 106M 0 106M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:50 --:--:-- 484k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 106M 0 106M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:51 --:--:-- 490k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 107M 0 107M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:53 --:--:-- 369k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 107M 0 107M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:53 --:--:-- 373k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 107M 0 107M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:07:54 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 108M 0 108M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:07:57 --:--:-- 237k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 108M 0 108M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:07:57 --:--:-- 275k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 108M 0 108M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:07:58 --:--:-- 383k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 109M 0 109M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:00 --:--:-- 257k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 109M 0 109M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:00 --:--:-- 296k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 109M 0 109M 0 0 227k 0 --:--:-- 0:08:13 --:--:-- 112k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 110M 0 110M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:08:13 --:--:-- 118k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 110M 0 110M 0 0 228k 0 --:--:-- 0:08:14 --:--:-- 109k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 110M 0 110M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:15 --:--:-- 132k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 111M 0 111M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:16 --:--:-- 120k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 111M 0 111M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:17 --:--:-- 454k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 111M 0 111M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:18 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 112M 0 112M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:08:19 --:--:-- 393k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 112M 0 112M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:08:20 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 112M 0 112M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:08:21 --:--:-- 296k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 112M 0 112M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:22 --:--:-- 238k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 113M 0 113M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:23 --:--:-- 227k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 113M 0 113M 0 0 229k 0 --:--:-- 0:08:24 --:--:-- 142k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 113M 0 113M 0 0 230k 0 --:--:-- 0:08:25 --:--:-- 198k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 114M 0 114M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:08:26 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 114M 0 114M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:08:27 --:--:-- 407k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 115M 0 115M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:28 --:--:-- 463k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 115M 0 115M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:29 --:--:-- 490k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 115M 0 115M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:30 --:--:-- 474k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 116M 0 116M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:31 --:--:-- 374k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 116M 0 116M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:32 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 116M 0 116M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:33 --:--:-- 298k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 117M 0 117M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:34 --:--:-- 273k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 117M 0 117M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:35 --:--:-- 238k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 117M 0 117M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:36 --:--:-- 225k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 117M 0 117M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:37 --:--:-- 269k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 118M 0 118M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:38 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 118M 0 118M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:39 --:--:-- 349k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 119M 0 119M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:40 --:--:-- 390k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 119M 0 119M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:08:41 --:--:-- 402k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 119M 0 119M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:08:42 --:--:-- 353k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 119M 0 119M 0 0 231k 0 --:--:-- 0:08:49 --:--:-- 131k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 120M 0 120M 0 0 232k 0 --:--:-- 0:08:49 --:--:-- 174k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 120M 0 120M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:50 --:--:-- 181k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 121M 0 121M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:51 --:--:-- 193k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 121M 0 121M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:52 --:--:-- 206k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 121M 0 121M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:08:53 --:--:-- 479k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 122M 0 122M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:08:54 --:--:-- 390k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 122M 0 122M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:08:55 --:--:-- 386k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 123M 0 123M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:08:56 --:--:-- 393k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 123M 0 123M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:08:57 --:--:-- 402k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 123M 0 123M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:08:58 --:--:-- 387k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 124M 0 124M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:00 --:--:-- 346k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 124M 0 124M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:09:01 --:--:-- 292k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 124M 0 124M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:09:02 --:--:-- 228k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 124M 0 124M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:09:02 --:--:-- 197k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 124M 0 124M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:03 --:--:-- 229k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 125M 0 125M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:04 --:--:-- 273k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 125M 0 125M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:05 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 126M 0 126M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:06 --:--:-- 412k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 126M 0 126M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:07 --:--:-- 434k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 126M 0 126M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:08 --:--:-- 396k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 127M 0 127M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:09 --:--:-- 378k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 127M 0 127M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:10 --:--:-- 315k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 127M 0 127M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:11 --:--:-- 262k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 127M 0 127M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:12 --:--:-- 230k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 127M 0 127M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:14 --:--:-- 165k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 128M 0 128M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:14 --:--:-- 234k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 128M 0 128M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:17 --:--:-- 241k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 129M 0 129M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:17 --:--:-- 321k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 129M 0 129M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:18 --:--:-- 342k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 129M 0 129M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:20 --:--:-- 344k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 130M 0 130M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:09:31 --:--:-- 110k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 130M 0 130M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:09:31 --:--:-- 131k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 130M 0 130M 0 0 233k 0 --:--:-- 0:09:32 --:--:-- 103k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 131M 0 131M 0 0 234k 0 --:--:-- 0:09:33 --:--:-- 102k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 132M 0 132M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:34 --:--:-- 156k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 132M 0 132M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:35 --:--:-- 529k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 132M 0 132M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:37 --:--:-- 418k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 132M 0 132M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:37 --:--:-- 400k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 133M 0 133M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:38 --:--:-- 354k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 133M 0 133M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:39 --:--:-- 270k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 133M 0 133M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:09:40 --:--:-- 248k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 134M 0 134M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:41 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 134M 0 134M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:42 --:--:-- 369k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 134M 0 134M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:43 --:--:-- 351k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 134M 0 134M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:44 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 135M 0 135M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:45 --:--:-- 317k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 135M 0 135M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:46 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 136M 0 136M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:47 --:--:-- 310k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 136M 0 136M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:48 --:--:-- 363k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 136M 0 136M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:49 --:--:-- 382k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 136M 0 136M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:50 --:--:-- 348k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 137M 0 137M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:51 --:--:-- 259k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 137M 0 137M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:52 --:--:-- 227k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 137M 0 137M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:53 --:--:-- 198k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 137M 0 137M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:54 --:--:-- 177k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 137M 0 137M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:55 --:--:-- 187k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 138M 0 138M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:56 --:--:-- 189k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 138M 0 138M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:09:57 --:--:-- 196k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 138M 0 138M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:58 --:--:-- 231k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 139M 0 139M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:09:59 --:--:-- 309k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 139M 0 139M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:00 --:--:-- 362k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 140M 0 140M 0 0 235k 0 --:--:-- 0:10:09 --:--:-- 172k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 140M 0 140M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:10:09 --:--:-- 221k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 141M 0 141M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:10 --:--:-- 246k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 142M 0 142M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:11 --:--:-- 246k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 142M 0 142M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:12 --:--:-- 230k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 142M 0 142M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:13 --:--:-- 558k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 143M 0 143M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:14 --:--:-- 450k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 143M 0 143M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:15 --:--:-- 380k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 143M 0 143M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:16 --:--:-- 320k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 143M 0 143M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:17 --:--:-- 312k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 144M 0 144M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:18 --:--:-- 304k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 144M 0 144M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:20 --:--:-- 306k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 144M 0 144M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:20 --:--:-- 278k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 144M 0 144M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:21 --:--:-- 256k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 145M 0 145M 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 238k 0 --:--:-- 0:10:22 --:--:-- 250k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 145M 0 145M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:23 --:--:-- 302k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 146M 0 146M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:25 --:--:-- 310k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 146M 0 146M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:25 --:--:-- 299k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 146M 0 146M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:26 --:--:-- 306k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 146M 0 146M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:27 --:--:-- 319k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 147M 0 147M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:28 --:--:-- 293k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 147M 0 147M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:29 --:--:-- 285k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 147M 0 147M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:30 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 148M 0 148M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:33 --:--:-- 281k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 148M 0 148M 0 0 240k 0 --:--:-- 0:10:33 --:--:-- 346k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 149M 0 149M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:10:36 --:--:-- 270k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 149M 0 149M 0 0 240k 0 --:--:-- 0:10:36 --:--:-- 304k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 149M 0 149M 0 0 240k 0 --:--:-- 0:10:37 --:--:-- 314k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 150M 0 150M 0 0 240k 0 --:--:-- 0:10:39 --:--:-- 314k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 150M 0 150M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:10:51 --:--:-- 99k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 150M 0 150M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:51 --:--:-- 123k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 151M 0 151M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:10:52 --:--:-- 99k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 151M 0 151M 0 0 236k 0 --:--:-- 0:10:53 --:--:-- 89503" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 151M 0 151M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:10:54 --:--:-- 121k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 152M 0 152M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:55 --:--:-- 496k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 152M 0 152M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:56 --:--:-- 408k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:57 --:--:-- 432k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:10:59 --:--:-- 412k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:11:00 --:--:-- 305k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:11:00 --:--:-- 211k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:11:01 --:--:-- 142k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 153M 0 153M 0 0 237k 0 --:--:-- 0:11:02 --:--:-- 142k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 154M 0 154M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:11:03 --:--:-- 221k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 154M 0 154M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:11:04 --:--:-- 306k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 155M 0 155M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:11:05 --:--:-- 367k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 155M 0 155M 0 0 238k 0 --:--:-- 0:11:06 --:--:-- 408k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 156M 0 156M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:07 --:--:-- 444k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 156M 0 156M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:08 --:--:-- 421k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 156M 0 156M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:09 --:--:-- 409k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 157M 0 157M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:10 --:--:-- 354k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 157M 0 157M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:11 --:--:-- 319k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 157M 0 157M 0 0 239k 0 --:--:-- 0:11:12 --:--:-- 298k\r\n" ] } ], "prompt_number": 14 }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "count |\tsum_len\t | N50 |\tmin_len\t| max_len |\tmed_len |\tave_len\t| sd_len |\tfile \n", "113679 |\t136406223 |\t2375 |\t201 |\t32089 |\t572\t |1200 |\t1545 |\tTrinity.fasta" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "import pandas\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [], "prompt_number": 16 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "%%file data.csv\n", "count,sum_len,N50,min_len,max_len,med_len,ave_len,sd_len,file\n", "113679,136406223,2375,201,32089,572,1200,1545,Trinity.fasta" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "Overwriting data.csv\n" ] } ], "prompt_number": 20 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "df = pandas.read_csv('data.csv')\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [], "prompt_number": 21 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "from IPython.display import HTML\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [], "prompt_number": 25 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "df.head" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 34, "text": [ "" ] } ], "prompt_number": 34 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "cd Desktop/" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "/Users/sr320/Desktop\n" ] } ], "prompt_number": 36 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!perl count_fasta.pl" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "\r\n", "usage: count_fasta.pl [-i ] \r\n", "Produces a histogram of sequence lengths and other measures to standard out.\r\n", "\r\n", "-i # specify bin size for histogram (default 100)\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 37 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!perl count_fasta.pl /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity.fasta" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "200:299 \t29818\r\n", "300:399 \t13977\r\n", "400:499 \t8480\r\n", "500:599 \t6072\r\n", "600:699 \t4794\r\n", "700:799 \t4036\r\n", "800:899 \t3484\r\n", "900:999 \t3054\r\n", "1000:1099 \t2767\r\n", "1100:1199 \t2498\r\n", "1200:1299 \t2327\r\n", "1300:1399 \t2165\r\n", "1400:1499 \t2026\r\n", "1500:1599 \t1895\r\n", "1600:1699 \t1684\r\n", "1700:1799 \t1518\r\n", "1800:1899 \t1439\r\n", "1900:1999 \t1289\r\n", "2000:2099 \t1220\r\n", "2100:2199 \t1097\r\n", "2200:2299 \t1061\r\n", "2300:2399 \t970\r\n", "2400:2499 \t1017\r\n", "2500:2599 \t880\r\n", "2600:2699 \t865\r\n", "2700:2799 \t792\r\n", "2800:2899 \t717\r\n", "2900:2999 \t652\r\n", "3000:3099 \t601\r\n", "3100:3199 \t609\r\n", "3200:3299 \t554\r\n", "3300:3399 \t513\r\n", "3400:3499 \t415\r\n", "3500:3599 \t477\r\n", "3600:3699 \t410\r\n", "3700:3799 \t415\r\n", "3800:3899 \t365\r\n", "3900:3999 \t393\r\n", "4000:4099 \t320\r\n", "4100:4199 \t371\r\n", "4200:4299 \t268\r\n", "4300:4399 \t251\r\n", "4400:4499 \t257\r\n", "4500:4599 \t253\r\n", "4600:4699 \t286\r\n", "4700:4799 \t251\r\n", "4800:4899 \t184\r\n", "4900:4999 \t148\r\n", "5000:5099 \t181\r\n", "5100:5199 \t171\r\n", "5200:5299 \t197\r\n", "5300:5399 \t143\r\n", "5400:5499 \t163\r\n", "5500:5599 \t140\r\n", "5600:5699 \t186\r\n", "5700:5799 \t134\r\n", "5800:5899 \t157\r\n", "5900:5999 \t110\r\n", "6000:6099 \t104\r\n", "6100:6199 \t84\r\n", "6200:6299 \t99\r\n", "6300:6399 \t97\r\n", "6400:6499 \t83\r\n", "6500:6599 \t65\r\n", "6600:6699 \t80\r\n", "6700:6799 \t59\r\n", "6800:6899 \t74\r\n", "6900:6999 \t68\r\n", "7000:7099 \t91\r\n", "7100:7199 \t53\r\n", "7200:7299 \t81\r\n", "7300:7399 \t50\r\n", "7400:7499 \t56\r\n", "7500:7599 \t62\r\n", "7600:7699 \t62\r\n", "7700:7799 \t48\r\n", "7800:7899 \t36\r\n", "7900:7999 \t33\r\n", "8000:8099 \t40\r\n", "8100:8199 \t33\r\n", "8200:8299 \t14\r\n", "8300:8399 \t15\r\n", "8400:8499 \t30\r\n", "8500:8599 \t48\r\n", "8600:8699 \t36\r\n", "8700:8799 \t44\r\n", "8800:8899 \t36\r\n", "8900:8999 \t14\r\n", "9000:9099 \t10\r\n", "9100:9199 \t8\r\n", "9200:9299 \t15\r\n", "9300:9399 \t11\r\n", "9400:9499 \t28\r\n", "9500:9599 \t15\r\n", "9600:9699 \t7\r\n", "9700:9799 \t12\r\n", "9800:9899 \t8\r\n", "9900:9999 \t5\r\n", "10000:10099 \t8\r\n", "10100:10199 \t8\r\n", "10200:10299 \t4\r\n", "10300:10399 \t5\r\n", "10400:10499 \t6\r\n", "10500:10599 \t13\r\n", "10600:10699 \t8\r\n", "10700:10799 \t6\r\n", "10800:10899 \t7\r\n", "10900:10999 \t1\r\n", "11000:11099 \t6\r\n", "11100:11199 \t9\r\n", "11200:11299 \t3\r\n", "11300:11399 \t0\r\n", "11400:11499 \t5\r\n", "11500:11599 \t5\r\n", "11600:11699 \t13\r\n", "11700:11799 \t0\r\n", "11800:11899 \t1\r\n", "11900:11999 \t6\r\n", "12000:12099 \t4\r\n", "12100:12199 \t3\r\n", "12200:12299 \t5\r\n", "12300:12399 \t3\r\n", "12400:12499 \t10\r\n", "12500:12599 \t7\r\n", "12600:12699 \t13\r\n", "12700:12799 \t6\r\n", "12800:12899 \t7\r\n", "12900:12999 \t15\r\n", "13000:13099 \t7\r\n", "13100:13199 \t2\r\n", "13200:13299 \t2\r\n", "13300:13399 \t0\r\n", "13400:13499 \t1\r\n", "13500:13599 \t9\r\n", "13600:13699 \t5\r\n", "13700:13799 \t8\r\n", "13800:13899 \t2\r\n", "13900:13999 \t7\r\n", "14000:14099 \t5\r\n", "14100:14199 \t4\r\n", "14200:14299 \t2\r\n", "14300:14399 \t0\r\n", "14400:14499 \t0\r\n", "14500:14599 \t3\r\n", "14600:14699 \t3\r\n", "14700:14799 \t7\r\n", "14800:14899 \t5\r\n", "14900:14999 \t5\r\n", "15000:15099 \t4\r\n", "15100:15199 \t6\r\n", "15200:15299 \t5\r\n", "15300:15399 \t0\r\n", "15400:15499 \t0\r\n", "15500:15599 \t8\r\n", "15600:15699 \t2\r\n", "15700:15799 \t3\r\n", "15800:15899 \t1\r\n", "15900:15999 \t0\r\n", "16000:16099 \t1\r\n", "16100:16199 \t1\r\n", "16200:16299 \t0\r\n", "16300:16399 \t0\r\n", "16400:16499 \t0\r\n", "16500:16599 \t2\r\n", "16600:16699 \t0\r\n", "16700:16799 \t0\r\n", "16800:16899 \t1\r\n", "16900:16999 \t0\r\n", "17000:17099 \t0\r\n", "17100:17199 \t1\r\n", "17200:17299 \t8\r\n", "17300:17399 \t10\r\n", "17400:17499 \t13\r\n", "17500:17599 \t3\r\n", "17600:17699 \t0\r\n", "17700:17799 \t0\r\n", "17800:17899 \t0\r\n", "17900:17999 \t1\r\n", "18000:18099 \t0\r\n", "18100:18199 \t0\r\n", "18200:18299 \t0\r\n", "18300:18399 \t0\r\n", "18400:18499 \t5\r\n", "18500:18599 \t0\r\n", "18600:18699 \t0\r\n", "18700:18799 \t0\r\n", "18800:18899 \t4\r\n", "18900:18999 \t0\r\n", "19000:19099 \t0\r\n", "19100:19199 \t0\r\n", "19200:19299 \t0\r\n", "19300:19399 \t0\r\n", "19400:19499 \t0\r\n", "19500:19599 \t0\r\n", "19600:19699 \t0\r\n", "19700:19799 \t0\r\n", "19800:19899 \t0\r\n", "19900:19999 \t0\r\n", "20000:20099 \t0\r\n", "20100:20199 \t0\r\n", "20200:20299 \t0\r\n", "20300:20399 \t0\r\n", "20400:20499 \t0\r\n", "20500:20599 \t0\r\n", "20600:20699 \t0\r\n", "20700:20799 \t0\r\n", "20800:20899 \t0\r\n", "20900:20999 \t2\r\n", "21000:21099 \t1\r\n", "21100:21199 \t0\r\n", "21200:21299 \t0\r\n", "21300:21399 \t0\r\n", "21400:21499 \t0\r\n", "21500:21599 \t0\r\n", "21600:21699 \t0\r\n", "21700:21799 \t0\r\n", "21800:21899 \t0\r\n", "21900:21999 \t0\r\n", "22000:22099 \t0\r\n", "22100:22199 \t0\r\n", "22200:22299 \t0\r\n", "22300:22399 \t0\r\n", "22400:22499 \t0\r\n", "22500:22599 \t0\r\n", "22600:22699 \t0\r\n", "22700:22799 \t0\r\n", "22800:22899 \t0\r\n", "22900:22999 \t0\r\n", "23000:23099 \t0\r\n", "23100:23199 \t0\r\n", "23200:23299 \t0\r\n", "23300:23399 \t0\r\n", "23400:23499 \t0\r\n", "23500:23599 \t0\r\n", "23600:23699 \t0\r\n", "23700:23799 \t0\r\n", "23800:23899 \t0\r\n", "23900:23999 \t0\r\n", "24000:24099 \t0\r\n", "24100:24199 \t0\r\n", "24200:24299 \t0\r\n", "24300:24399 \t0\r\n", "24400:24499 \t0\r\n", "24500:24599 \t0\r\n", "24600:24699 \t0\r\n", "24700:24799 \t0\r\n", "24800:24899 \t0\r\n", "24900:24999 \t0\r\n", "25000:25099 \t0\r\n", "25100:25199 \t0\r\n", "25200:25299 \t0\r\n", "25300:25399 \t0\r\n", "25400:25499 \t0\r\n", "25500:25599 \t0\r\n", "25600:25699 \t0\r\n", "25700:25799 \t0\r\n", "25800:25899 \t0\r\n", "25900:25999 \t0\r\n", "26000:26099 \t0\r\n", "26100:26199 \t0\r\n", "26200:26299 \t0\r\n", "26300:26399 \t0\r\n", "26400:26499 \t0\r\n", "26500:26599 \t0\r\n", "26600:26699 \t0\r\n", "26700:26799 \t0\r\n", "26800:26899 \t0\r\n", "26900:26999 \t0\r\n", "27000:27099 \t0\r\n", "27100:27199 \t0\r\n", "27200:27299 \t0\r\n", "27300:27399 \t0\r\n", "27400:27499 \t0\r\n", "27500:27599 \t0\r\n", "27600:27699 \t0\r\n", "27700:27799 \t0\r\n", "27800:27899 \t0\r\n", "27900:27999 \t0\r\n", "28000:28099 \t0\r\n", "28100:28199 \t0\r\n", "28200:28299 \t0\r\n", "28300:28399 \t0\r\n", "28400:28499 \t0\r\n", "28500:28599 \t0\r\n", "28600:28699 \t0\r\n", "28700:28799 \t0\r\n", "28800:28899 \t0\r\n", "28900:28999 \t0\r\n", "29000:29099 \t0\r\n", "29100:29199 \t0\r\n", "29200:29299 \t0\r\n", "29300:29399 \t0\r\n", "29400:29499 \t0\r\n", "29500:29599 \t0\r\n", "29600:29699 \t0\r\n", "29700:29799 \t0\r\n", "29800:29899 \t0\r\n", "29900:29999 \t0\r\n", "30000:30099 \t0\r\n", "30100:30199 \t0\r\n", "30200:30299 \t0\r\n", "30300:30399 \t0\r\n", "30400:30499 \t0\r\n", "30500:30599 \t0\r\n", "30600:30699 \t0\r\n", "30700:30799 \t0\r\n", "30800:30899 \t0\r\n", "30900:30999 \t0\r\n", "31000:31099 \t0\r\n", "31100:31199 \t0\r\n", "31200:31299 \t0\r\n", "31300:31399 \t0\r\n", "31400:31499 \t0\r\n", "31500:31599 \t0\r\n", "31600:31699 \t0\r\n", "31700:31799 \t0\r\n", "31800:31899 \t0\r\n", "31900:31999 \t0\r\n", "32000:32099 \t2\r\n", "\r\n", "Total length of sequence:\t136406223 bp\r\n", "Total number of sequences:\t113679\r\n", "N25 stats:\t\t\t25% of total sequence length is contained in the 5366 sequences >= 4305 bp\r\n", "N50 stats:\t\t\t50% of total sequence length is contained in the 16227 sequences >= 2375 bp\r\n", "N75 stats:\t\t\t75% of total sequence length is contained in the 37135 sequences >= 1102 bp\r\n", "Total GC count:\t\t\t54597739 bp\r\n", "GC %:\t\t\t\t40.03 %\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 40 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "from pandas import *\n", "\n", "# read data from data file into a pandas DataFrame \n", "hi = read_table(\"/Users/sr320/Desktop/histo.txt\") # name of the data file\n", " #sep=\",\", # what character separates each column?\n", " #na_values=[\"\", \" \"]) # what values should be considered \"blank\" values?" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [], "prompt_number": 115 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "print hi" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\n", "Int64Index: 319 entries, 0 to 318\n", "Data columns (total 2 columns):\n", "INT 319 non-null values\n", " count 319 non-null values\n", "dtypes: int64(1), object(1)\n" ] } ], "prompt_number": 116 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "hi" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "
\n",
        "<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>\n",
        "Int64Index: 319 entries, 0 to 318\n",
        "Data columns (total 2 columns):\n",
        "INT              319  non-null values\n",
        "        count    319  non-null values\n",
        "dtypes: int64(1), object(1)\n",
        "
" ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 117, "text": [ "\n", "Int64Index: 319 entries, 0 to 318\n", "Data columns (total 2 columns):\n", "INT 319 non-null values\n", " count 319 non-null values\n", "dtypes: int64(1), object(1)" ] } ], "prompt_number": 117 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "hi.head()" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "
\n", "\n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", " \n", "
INT count
0 200:299 29818
1 300:399 13977
2 400:499 8480
3 500:599 6072
4 600:699 4794
\n", "
" ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 118, "text": [ " INT count\n", "0 200:299 29818\n", "1 300:399 13977\n", "2 400:499 8480\n", "3 500:599 6072\n", "4 600:699 4794" ] } ], "prompt_number": 118 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "----" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "ename": "SyntaxError", "evalue": "invalid syntax (, line 1)", "output_type": "pyerr", "traceback": [ "\u001b[0;36m File \u001b[0;32m\"\"\u001b[0;36m, line \u001b[0;32m1\u001b[0m\n\u001b[0;31m ----\u001b[0m\n\u001b[0m ^\u001b[0m\n\u001b[0;31mSyntaxError\u001b[0m\u001b[0;31m:\u001b[0m invalid syntax\n" ] } ], "prompt_number": 77 }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!perl -e '$count=0; $len=0; while(<>) {s/\\r?\\n//; s/\\t/ /g; if (s/^>//) { if ($. != 1) {print \"\\n\"} s/ |$/\\t/; $count++; $_ .= \"\\t\";} else {s/ //g; $len += length($_)} print $_;} print \"\\n\"; warn \"\\nConverted $count FASTA records in $. lines to tabular format\\nTotal sequence length: $len\\n\\n\";' /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity.fasta > /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity.tab" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "Converted 113679 FASTA records in 2442378 lines to tabular format\r\n", "Total sequence length: 136406223\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 78 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!perl -e '$col = 2;' -e 'while (<>) { s/\\r?\\n//; @F = split /\\t/, $_; $len = length($F[$col]); print \"$_\\t$len\\n\" } warn \"\\nAdded column with length of column $col for $. lines.\\n\\n\";' /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity.tab > /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity_ls_length2.tab" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "Added column with length of column 2 for 113679 lines.\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 99 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!head -2 /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity_ls_length2.tab" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "comp0_c0_seq1\tlen=526 path=[4411:0-525]\tTCTGTGCCGATATATATATACATGTATCTATGCACAGTCATGTTTTATCGAGTACGACTGTAAAAAAGATCCAAAGTATACTCAAAAAATCTTCAGCAAGTGAGTCCATTTGAGTATGAGAATGATATTATCAAAGTTTTAAAACAATTTAGAGCATAGAGGTTGAGTCCGTGTATGAAAATGTGCTCAAAAAAGTAAATATAACTTCCAGGACAATTATTTTTACCGGCGTCTACTTGTATCTGTACGTATATTAAAAGTCTTAACGGCCACTGAACGAGCCAGCCTATTTATAAACTTGTTAACGCTTCCTTAAATGGCTGTAACTGAAGCTCCAAGCAAGTACTTAGCTAGAAAACACCCAGACGTACGTAAAAGTTTCCTTATTTACTGAAAATTTAAATGTATTCACCCAGTAGCACCCGGGGCCTTGATGAGGCCACGATAAATCTGCTTTTCAACAACCATAATGATTTGTTAATTCATAAGAAACACGCTCATGTATAGACTTCGATTTCAGGATAAG\t526\r\n", "comp1_c0_seq1\tlen=265 path=[1100:0-54 2691:55-264]\tGGGGAATTCAGCTAACATACCTCGATGATGAGGGGGAGCCGTCCTGTCAAAACTCCAATAATCTGAATTATACACTGCTGAAGCACTTAACACGTCAAGATGTGGGGTGTGCCTTAGATACAACATCTACAAAAATAAATCTAGACACTGACCTGGACTCCAGAGCCGATACAGACACTGTCCTTACTGAAATTACCAAACCTGGCAAGTATTGAACGTGTACCAAAACTTATAGATTTTGTATATGGTATTAATTTCTCTGGTG\t265\r\n" ] } ], "prompt_number": 100 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "from pandas import *\n", "\n", "# read data from data file into a pandas DataFrame \n", "la = read_table(\"http://eagle.fish.washington.edu/cnidarian/fish546_14_Trinity_ls_length2.tab\", # name of the data file\n", " #sep=\",\", # what character separates each column?\n", " na_values=[\"\", \" \"]) # what values should be considered \"blank\" values?" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [], "prompt_number": 101 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "la.head()" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "html": [ "
\n",
        "<class 'pandas.core.frame.DataFrame'>\n",
        "Int64Index: 5 entries, 0 to 4\n",
        "Data columns (total 4 columns):\n",
        "comp0_c0_seq1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     5  non-null values\n",
        "len=526 path=[4411:0-525]                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         5  non-null values\n",
        "TCTGTGCCGATATATATATACATGTATCTATGCACAGTCATGTTTTATCGAGTACGACTGTAAAAAAGATCCAAAGTATACTCAAAAAATCTTCAGCAAGTGAGTCCATTTGAGTATGAGAATGATATTATCAAAGTTTTAAAACAATTTAGAGCATAGAGGTTGAGTCCGTGTATGAAAATGTGCTCAAAAAAGTAAATATAACTTCCAGGACAATTATTTTTACCGGCGTCTACTTGTATCTGTACGTATATTAAAAGTCTTAACGGCCACTGAACGAGCCAGCCTATTTATAAACTTGTTAACGCTTCCTTAAATGGCTGTAACTGAAGCTCCAAGCAAGTACTTAGCTAGAAAACACCCAGACGTACGTAAAAGTTTCCTTATTTACTGAAAATTTAAATGTATTCACCCAGTAGCACCCGGGGCCTTGATGAGGCCACGATAAATCTGCTTTTCAACAACCATAATGATTTGTTAATTCATAAGAAACACGCTCATGTATAGACTTCGATTTCAGGATAAG    5  non-null values\n",
        "526                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               5  non-null values\n",
        "dtypes: int64(1), object(3)\n",
        "
" ], "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 103, "text": [ " comp0_c0_seq1 len=526 path=[4411:0-525] \\\n", "0 comp1_c0_seq1 len=265 path=[1100:0-54 2691:55-264] \n", "1 comp2_c0_seq1 len=284 path=[8218:0-178 713:179-283] \n", "2 comp3_c0_seq1 len=591 path=[36159:0-115 8073:116-590] \n", "3 comp3_c0_seq2 len=869 path=[3:0-393 8073:394-868] \n", "4 comp4_c0_seq1 len=693 path=[13985:0-396 29716:397-409 22754:... \n", "\n", " TCTGTGCCGATATATATATACATGTATCTATGCACAGTCATGTTTTATCGAGTACGACTGTAAAAAAGATCCAAAGTATACTCAAAAAATCTTCAGCAAGTGAGTCCATTTGAGTATGAGAATGATATTATCAAAGTTTTAAAACAATTTAGAGCATAGAGGTTGAGTCCGTGTATGAAAATGTGCTCAAAAAAGTAAATATAACTTCCAGGACAATTATTTTTACCGGCGTCTACTTGTATCTGTACGTATATTAAAAGTCTTAACGGCCACTGAACGAGCCAGCCTATTTATAAACTTGTTAACGCTTCCTTAAATGGCTGTAACTGAAGCTCCAAGCAAGTACTTAGCTAGAAAACACCCAGACGTACGTAAAAGTTTCCTTATTTACTGAAAATTTAAATGTATTCACCCAGTAGCACCCGGGGCCTTGATGAGGCCACGATAAATCTGCTTTTCAACAACCATAATGATTTGTTAATTCATAAGAAACACGCTCATGTATAGACTTCGATTTCAGGATAAG \\\n", "0 GGGGAATTCAGCTAACATACCTCGATGATGAGGGGGAGCCGTCCTG... \n", "1 GCGAGATGTACATGTAACCCAAATTAAGCATGTTAAATCATTAGCT... \n", "2 CCAATCTTTAGTAAGTTTATATTAATTTCTATGATAATATTTGAAA... \n", "3 GTATAATGCTGACCTTGAACATTTTCATCGCTTCATGACTGACGTT... \n", "4 TGTTTCTTGTTATAATTATTGTGTACGTTGTTTCGTATCTGACGTC... \n", "\n", " 526 \n", "0 265 \n", "1 284 \n", "2 591 \n", "3 869 \n", "4 693 " ] } ], "prompt_number": 103 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "la ['526'].hist(bins=1000);\n", "#Axis limits are changed using the axis([xmin, xmax, ymin, ymax]) function.\n", "plt.axis([0, 4000, 0, 11000])\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 113, "text": [ "[0, 4000, 0, 11000]" ] }, { "metadata": {}, "output_type": "display_data", "png": "iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAYsAAAD5CAYAAADWfRn1AAAABHNCSVQICAgIfAhkiAAAAAlwSFlz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\nQmCC\n", "text": [ "" ] } ], "prompt_number": 113 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!perl /Users/sr320/Desktop/trinityrnaseq_r20131110/util/TrinityStats.pl /Volumes/web/cnidarian/fish546_14_Trinity.fasta\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "\r\n", "################################\r\n", "## Counts of transcripts, etc.\r\n", "################################\r\n", "Total trinity transcripts:\t113679\r\n", "Total trinity components:\t69205\r\n", "Percent GC: 40.03\r\n", "\r\n", "########################################\r\n", "Stats based on ALL transcript contigs:\r\n", "########################################\r\n", "\r\n" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\tContig N10: 6804\r\n", "\tContig N20: 4912\r\n", "\tContig N30: 3808\r\n", "\tContig N40: 2996\r\n", "\tContig N50: 2375\r\n", "\r\n", "\tMedian contig length: 572\r\n" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\tAverage contig: 1199.92\r\n", "\tTotal assembled bases: 136406223\r\n", "\r\n", "\r\n", "#####################################################\r\n", "## Stats based on ONLY LONGEST ISOFORM per COMPONENT:\r\n", "#####################################################\r\n", "\r\n" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\tContig N10: 5174\r\n", "\tContig N20: 3631\r\n", "\tContig N30: 2726\r\n", "\tContig N40: 2099\r\n", "\tContig N50: 1604\r\n", "\r\n", "\tMedian contig length: 382\r\n" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\tAverage contig: 823.03\r\n", "\tTotal assembled bases: 56957585\r\n", "\r\n", "\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 120 }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "Running CD-Hit on IPlant\n" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "cd /Volumes/web/cnidarian/" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "/Volumes/web/cnidarian\n" ] } ], "prompt_number": 2 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!curl -o 'fishfe6_oCD-HITout.fa' 'http://de.iplantcollaborative.org/dl/d/26cb3b68-ea18-4a9f-a723-247e03c0166a/CD-HITout.fa'" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current\r\n", " Dload Upload Total Spent Left Speed\r\n", "\r", " 0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- 0:00:02 --:--:-- 0" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1150 0 1150 0 0 359 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 1046" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 161k 0 161k 0 0 47063 0 --:--:-- 0:00:03 --:--:-- 114k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 514k 0 514k 0 0 112k 0 --:--:-- 0:00:04 --:--:-- 207k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 836k 0 836k 0 0 151k 0 --:--:-- 0:00:05 --:--:-- 243k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1189k 0 1189k 0 0 181k 0 --:--:-- 0:00:06 --:--:-- 266k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1476k 0 1476k 0 0 194k 0 --:--:-- 0:00:07 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 1798k 0 1798k 0 0 210k 0 --:--:-- 0:00:08 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2145k 0 2145k 0 0 223k 0 --:--:-- 0:00:09 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2468k 0 2468k 0 0 233k 0 --:--:-- 0:00:10 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 2785k 0 2785k 0 0 242k 0 --:--:-- 0:00:11 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3138k 0 3138k 0 0 249k 0 --:--:-- 0:00:12 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3462k 0 3462k 0 0 255k 0 --:--:-- 0:00:13 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 3810k 0 3810k 0 0 261k 0 --:--:-- 0:00:14 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4130k 0 4130k 0 0 265k 0 --:--:-- 0:00:15 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4482k 0 4482k 0 0 270k 0 --:--:-- 0:00:16 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 4772k 0 4772k 0 0 272k 0 --:--:-- 0:00:17 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5129k 0 5129k 0 0 276k 0 --:--:-- 0:00:18 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5487k 0 5487k 0 0 280k 0 --:--:-- 0:00:19 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 5802k 0 5802k 0 0 282k 0 --:--:-- 0:00:20 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6159k 0 6159k 0 0 285k 0 --:--:-- 0:00:21 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6437k 0 6437k 0 0 285k 0 --:--:-- 0:00:22 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 6797k 0 6797k 0 0 288k 0 --:--:-- 0:00:23 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7114k 0 7114k 0 0 290k 0 --:--:-- 0:00:24 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7471k 0 7471k 0 0 292k 0 --:--:-- 0:00:25 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 7791k 0 7791k 0 0 293k 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "--:--:-- 0:00:26 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8143k 0 8143k 0 0 295k 0 --:--:-- 0:00:27 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8495k 0 8495k 0 0 297k 0 --:--:-- 0:00:28 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 8782k 0 8782k 0 0 297k 0 --:--:-- 0:00:29 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9161k 0 9161k 0 0 299k 0 --:--:-- 0:00:30 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9487k 0 9487k 0 0 301k 0 --:--:-- 0:00:31 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9775k 0 9775k 0 0 300k 0 --:--:-- 0:00:32 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 9.8M 0 9.8M 0 0 301k 0 --:--:-- 0:00:33 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.2M 0 10.2M 0 0 302k " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 --:--:-- 0:00:34 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.5M 0 10.5M 0 0 304k 0 --:--:-- 0:00:35 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 10.8M 0 10.8M 0 0 305k 0 --:--:-- 0:00:36 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.1M 0 11.1M 0 0 304k 0 --:--:-- 0:00:37 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.5M 0 11.5M 0 0 305k 0 --:--:-- 0:00:38 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 11.8M 0 11.8M 0 0 306k 0 --:--:-- 0:00:39 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.1M 0 12.1M 0 0 306k 0 --:--:-- 0:00:40 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.5M 0 12.5M 0 0 307k 0 --:--:-- 0:00:41 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 12.8M 0 12.8M 0 0 308k 0 --:--:-- 0:00:42 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.1M 0 13.1M 0 0 309k 0 --:--:-- 0:00:43 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.4M 0 13.4M 0 0 309k 0 --:--:-- 0:00:44 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 13.7M 0 13.7M 0 0 310k 0 --:--:-- 0:00:45 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.1M 0 14.1M 0 0 310k 0 --:--:-- 0:00:46 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.4M 0 14.4M 0 0 310k 0 --:--:-- 0:00:47 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 14.7M 0 14.7M 0 0 310k 0 --:--:-- 0:00:48 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.0M 0 15.0M 0 0 311k 0 --:--:-- 0:00:49 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.3M 0 15.3M 0 0 311k 0 --:--:-- 0:00:50 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 15.7M 0 15.7M 0 0 312k 0 --:--:-- 0:00:51 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.0M 0 16.0M 0 0 312k 0 --:--:-- 0:00:52 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.3M 0 16.3M 0 0 312k 0 --:--:-- 0:00:53 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 16.6M 0 16.6M 0 0 313k 0 --:--:-- 0:00:54 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.0M 0 17.0M 0 0 313k 0 --:--:-- 0:00:55 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.3M 0 17.3M 0 0 314k 0 --:--:-- 0:00:56 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.6M 0 17.6M 0 0 314k 0 --:--:-- 0:00:57 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 17.9M 0 17.9M 0 0 314k 0 --:--:-- 0:00:58 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.3M 0 18.3M 0 0 315k 0 --:--:-- 0:00:59 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 18.6M 0 18.6M 0 0 315k 0 --:--:-- 0:01:00 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.0M 0 19.0M 0 0 315k 0 --:--:-- 0:01:01 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.3M 0 19.3M 0 0 316k 0 --:--:-- 0:01:02 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.6M 0 19.6M 0 0 316k 0 --:--:-- 0:01:03 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 19.9M 0 19.9M 0 0 316k 0 --:--:-- 0:01:04 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 20.2M 0 20.2M 0 0 317k 0 --:--:-- 0:01:05 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 20.6M 0 20.6M 0 0 317k 0 --:--:-- 0:01:06 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 20.9M 0 20.9M 0 0 317k 0 --:--:-- 0:01:07 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.2M 0 21.2M 0 0 317k 0 --:--:-- 0:01:08 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.5M 0 21.5M 0 0 317k 0 --:--:-- 0:01:09 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 21.9M 0 21.9M 0 0 318k 0 --:--:-- 0:01:10 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.2M 0 22.2M 0 0 318k 0 --:--:-- 0:01:11 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.5M 0 22.5M 0 0 318k 0 --:--:-- 0:01:12 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 22.9M 0 22.9M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:13 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.2M 0 23.2M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:14 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.5M 0 23.5M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:15 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 23.9M 0 23.9M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:16 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.2M 0 24.2M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:17 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.5M 0 24.5M 0 0 319k 0 --:--:-- 0:01:18 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 24.8M 0 24.8M 0 0 320k 0 --:--:-- 0:01:19 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.1M 0 25.1M 0 0 320k 0 --:--:-- 0:01:20 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.5M 0 25.5M 0 0 320k 0 --:--:-- 0:01:21 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 25.8M 0 25.8M 0 0 320k 0 --:--:-- 0:01:22 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.1M 0 26.1M 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 320k 0 --:--:-- 0:01:23 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.5M 0 26.5M 0 0 320k 0 --:--:-- 0:01:24 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 26.8M 0 26.8M 0 0 321k 0 --:--:-- 0:01:25 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.1M 0 27.1M 0 0 321k 0 --:--:-- 0:01:26 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.4M 0 27.4M 0 0 321k 0 --:--:-- 0:01:27 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 27.8M 0 27.8M 0 0 321k 0 --:--:-- 0:01:28 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.1M 0 28.1M 0 0 321k 0 --:--:-- 0:01:29 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.4M 0 28.4M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:30 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 28.8M 0 28.8M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:31 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.1M 0 29.1M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:32 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.4M 0 29.4M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:33 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 29.7M 0 29.7M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:34 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.1M 0 30.1M 0 0 322k 0 --:--:-- 0:01:35 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.4M 0 30.4M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:36 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 30.7M 0 30.7M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:37 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.0M 0 31.0M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:38 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.4M 0 31.4M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:39 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 31.7M 0 31.7M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:40 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.1M 0 32.1M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:41 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.4M 0 32.4M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:42 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 32.7M 0 32.7M 0 " ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ " 0 323k 0 --:--:-- 0:01:43 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.0M 0 33.0M 0 0 323k 0 --:--:-- 0:01:44 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.4M 0 33.4M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:45 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 33.7M 0 33.7M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:46 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.0M 0 34.0M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:47 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.3M 0 34.3M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:48 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 34.7M 0 34.7M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:49 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.0M 0 35.0M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:50 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.3M 0 35.3M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:51 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.6M 0 35.6M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:52 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 35.9M 0 35.9M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:53 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.3M 0 36.3M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:54 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.6M 0 36.6M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:55 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 36.9M 0 36.9M 0 0 324k 0 --:--:-- 0:01:56 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.3M 0 37.3M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:01:57 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.6M 0 37.6M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:01:58 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 37.9M 0 37.9M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:01:59 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.2M 0 38.2M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:00 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.6M 0 38.6M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:01 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 38.9M 0 38.9M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:02 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.2M 0 39.2M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:03 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.6M 0 39.6M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:04 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 39.9M 0 39.9M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:05 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 40.2M 0 40.2M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:06 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 40.5M 0 40.5M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:07 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 40.8M 0 40.8M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:08 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.2M 0 41.2M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:09 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.5M 0 41.5M 0 0 325k 0 --:--:-- 0:02:10 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 41.8M 0 41.8M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:11 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.2M 0 42.2M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:12 --:--:-- 337k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.5M 0 42.5M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:13 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 42.8M 0 42.8M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:14 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 43.2M 0 43.2M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:15 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 43.5M 0 43.5M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:16 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 43.8M 0 43.8M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:17 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.2M 0 44.2M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:18 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.5M 0 44.5M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:19 --:--:-- 342k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 44.8M 0 44.8M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:20 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.2M 0 45.2M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:21 --:--:-- 341k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.5M 0 45.5M 0 0 326k 0 --:--:-- 0:02:22 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 45.8M 0 45.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:23 --:--:-- 342k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 46.2M 0 46.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:24 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 46.5M 0 46.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:25 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 46.8M 0 46.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:26 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.2M 0 47.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:27 --:--:-- 342k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.5M 0 47.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:28 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 47.8M 0 47.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:29 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.1M 0 48.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:30 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.4M 0 48.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:31 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 48.8M 0 48.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:32 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.1M 0 49.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:33 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.4M 0 49.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:34 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 49.8M 0 49.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:35 --:--:-- 340k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.1M 0 50.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:02:36 --:--:-- 338k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.4M 0 50.4M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:37 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 50.7M 0 50.7M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:38 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.1M 0 51.1M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:39 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.4M 0 51.4M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:40 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 51.7M 0 51.7M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:41 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.0M 0 52.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:42 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.4M 0 52.4M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:43 --:--:-- 339k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 52.7M 0 52.7M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:44 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 53.0M 0 53.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:45 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 53.4M 0 53.4M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:46 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 53.7M 0 53.7M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:47 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 54.0M 0 54.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:48 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 54.3M 0 54.3M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:49 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 54.6M 0 54.6M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:50 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.0M 0 55.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:51 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.3M 0 55.3M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:52 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.6M 0 55.6M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:53 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 55.9M 0 55.9M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:54 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 56.3M 0 56.3M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:55 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 56.6M 0 56.6M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:56 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.0M 0 57.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:57 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.2M 0 57.2M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:58 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.6M 0 57.6M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:02:59 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 57.9M 0 57.9M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:00 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.2M 0 58.2M 0 0 328" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "k 0 --:--:-- 0:03:01 --:--:-- 317k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.5M 0 58.5M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:02 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 58.8M 0 58.8M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:03 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.1M 0 59.1M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:04 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.5M 0 59.5M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:05 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 59.8M 0 59.8M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:06 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.1M 0 60.1M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:07 --:--:-- 322k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.4M 0 60.4M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:08 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 60.7M 0 60.7M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:09 --:--:-- 311k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.0M 0 61.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:10 --:--:-- 303k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.3M 0 61.3M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:11 --:--:-- 307k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.6M 0 61.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:12 --:--:-- 305k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 61.9M 0 61.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:13 --:--:-- 303k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.2M 0 62.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:14 --:--:-- 322k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.6M 0 62.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:15 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 62.9M 0 62.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:16 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.2M 0 63.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:17 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.5M 0 63.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:18 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 63.9M 0 63.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:19 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.1M 0 64.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:20 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.5M 0 64.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:21 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 64.8M 0 64.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:22 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.1M 0 65.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:23 --:--:-- 336k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.4M 0 65.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:24 --:--:-- 319k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 65.7M 0 65.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:25 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.1M 0 66.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:26 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.4M 0 66.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:27 --:--:-- 324k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 66.7M 0 66.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:28 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.0M 0 67.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:29 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.4M 0 67.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:30 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 67.7M 0 67.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:31 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.0M 0 68.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:32 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.3M 0 68.3M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:33 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.6M 0 68.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:34 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 68.9M 0 68.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:35 --:--:-- 322k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.3M 0 69.3M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:36 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.6M 0 69.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:37 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 69.9M 0 69.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:38 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 70.2M 0 70.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:39 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 70.5M 0 70.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:40 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 70.9M 0 70.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:41 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.2M 0 71.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:42 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.5M 0 71.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:43 --:--:-- 331k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 71.8M 0 71.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:44 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 72.1M 0 72.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:45 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 72.5M 0 72.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:46 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 72.8M 0 72.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:47 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 73.2M 0 73.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:48 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 73.4M 0 73.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:49 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 73.8M 0 73.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:50 --:--:-- 330k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.1M 0 74.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:51 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.4M 0 74.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:52 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 74.8M 0 74.8M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:53 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 75.0M 0 75.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:54 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 75.4M 0 75.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:55 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 75.7M 0 75.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:56 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.0M 0 76.0M 0 0 328k 0 --:--:-- 0:03:57 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.4M 0 76.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:58 --:--:-- 318k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.6M 0 76.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:03:59 --:--:-- 315k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 76.9M 0 76.9M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:00 --:--:-- 314k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.2M 0 77.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:01 --:--:-- 313k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.6M 0 77.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:02 --:--:-- 311k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 77.8M 0 77.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:03 --:--:-- 315k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 78.2M 0 78.2M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:04 --:--:-- 325k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 78.5M 0 78.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:05 --:--:-- 320k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 78.8M 0 78.8M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:06 --:--:-- 318k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 79.1M 0 79.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:07 --:--:-- 321k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 79.5M 0 79.5M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:08 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 79.7M 0 79.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:09 --:--:-- 323k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.1M 0 80.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:10 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.4M 0 80.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:11 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 80.7M 0 80.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:12 --:--:-- 326k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.1M 0 81.1M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:13 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.4M 0 81.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:14 --:--:-- 333k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 81.7M 0 81.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:15 --:--:-- 334k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 82.0M 0 82.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:16 --:--:-- 335k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 82.4M 0 82.4M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:17 --:--:-- 332k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 82.7M 0 82.7M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:18 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.0M 0 83.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:19 --:--:-- 329k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.3M 0 83.3M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:20 --:--:-- 327k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 83.6M 0 83.6M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:21 --:--:-- 328k" ] }, { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r", "100 84.0M 0 84.0M 0 0 327k 0 --:--:-- 0:04:22 --:--:-- 332k\r\n" ] } ], "prompt_number": 3 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!head fishfe6_oCD-HITout.fa" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ ">comp0_c0_seq1 len=526 path=[4411:0-525]\r\n", "TCTGTGCCGATATATATATACATGTATCTATGCACAGTCATGTTTTATCGAGTACGACTG\r\n", "TAAAAAAGATCCAAAGTATACTCAAAAAATCTTCAGCAAGTGAGTCCATTTGAGTATGAG\r\n", "AATGATATTATCAAAGTTTTAAAACAATTTAGAGCATAGAGGTTGAGTCCGTGTATGAAA\r\n", "ATGTGCTCAAAAAAGTAAATATAACTTCCAGGACAATTATTTTTACCGGCGTCTACTTGT\r\n", "ATCTGTACGTATATTAAAAGTCTTAACGGCCACTGAACGAGCCAGCCTATTTATAAACTT\r\n", "GTTAACGCTTCCTTAAATGGCTGTAACTGAAGCTCCAAGCAAGTACTTAGCTAGAAAACA\r\n", "CCCAGACGTACGTAAAAGTTTCCTTATTTACTGAAAATTTAAATGTATTCACCCAGTAGC\r\n", "ACCCGGGGCCTTGATGAGGCCACGATAAATCTGCTTTTCAACAACCATAATGATTTGTTA\r\n", "ATTCATAAGAAACACGCTCATGTATAGACTTCGATTTCAGGATAAG\r\n" ] } ], "prompt_number": 4 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!cat fishfe6_oCD-HITout.fa | awk '((NR-2)%4==0){read=$1;total++;count[read]++}END{for(read in count){if(!max||count[read]>max) {max=count[read];maxRead=read};if(count[read]==1){unique++}};print total,unique,unique*100/total,maxRead,count[maxRead],count[maxRead]*100/total}'\n" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "340785 321619 94.3759 G 126 0.0369735\r\n" ] } ], "prompt_number": 5 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!fgrep -c \">\" fishfe6_oCD-HITout.fa" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "81885\r\n" ] } ], "prompt_number": 6 }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "Bowtie on IPlant to get alignment" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!head BowtieOut.sam" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "^C\r\n" ] } ], "prompt_number": 10 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!/Volumes/Bay3/Software/BSMAP/bsmap-2.74/samtools/samtools -help" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "[main] unrecognized command '-help'\r\n" ] } ], "prompt_number": 13 }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "Tophat on IPlant to get alignment" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "Visualized in IGV" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [] }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "\"greenbird_18AA510D_png\"/" ] }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "mpileup on IPlant" ] }, { "cell_type": "markdown", "metadata": {}, "source": [ "![ss](http://eagle.fish.washington.edu/cnidarian/skitch/Screenshot_2_11_14_9_00_AM_18AA8EAD.png)" ] }, { "cell_type": "heading", "level": 1, "metadata": {}, "source": [ "-- Trinity on hummingbird\n" ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "!/usr/local/bioinformatics/trinity/Trinity.pl" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "\r\n", "\r\n", "###############################################################################\r\n", "#\r\n", "# ______ ____ ____ ____ ____ ______ __ __\r\n", "# | || \\ | || \\ | || || | |\r\n", "# | || D ) | | | _ | | | | || | |\r\n", "# |_| |_|| / | | | | | | | |_| |_|| ~ |\r\n", "# | | | \\ | | | | | | | | | |___, |\r\n", "# | | | . \\ | | | | | | | | | | |\r\n", "# |__| |__|\\_||____||__|__||____| |__| |____/\r\n", "#\r\n", "###############################################################################\r\n", "#\r\n", "# Required:\r\n", "#\r\n", "# --seqType :type of reads: ( fa, or fq )\r\n", "#\r\n", "# --JM :(Jellyfish Memory) number of GB of system memory to use for \r\n", "# k-mer counting by jellyfish (eg. 10G) *include the 'G' char \r\n", "#\r\n", "# If paired reads:\r\n", "# --left :left reads, one or more (separated by space)\r\n", "# --right :right reads, one or more (separated by space)\r\n", "#\r\n", "# Or, if unpaired reads:\r\n", "# --single :single reads, one or more (note, if single file contains pairs, can use flag: --run_as_paired )\r\n", "#\r\n", "####################################\r\n", "## Misc: #########################\r\n", "#\r\n", "# --SS_lib_type :Strand-specific RNA-Seq read orientation.\r\n", "# if paired: RF or FR,\r\n", "# if single: F or R. (dUTP method = RF)\r\n", "# See web documentation.\r\n", "#\r\n", "# --output :name of directory for output (will be\r\n", "# created if it doesn't already exist)\r\n", "# default( \"/Users/steven/Dropbox/Steven/ipython_nb/fish546/trinity_out_dir\" )\r\n", "# --CPU :number of CPUs to use, default: 2\r\n", "# --min_contig_length :minimum assembled contig length to report\r\n", "# (def=200)\r\n", "# --genome_guided :set to genome guided mode, only retains assembly fasta file.\r\n", "# --jaccard_clip :option, set if you have paired reads and\r\n", "# you expect high gene density with UTR\r\n", "# overlap (use FASTQ input file format\r\n", "# for reads).\r\n", "# (note: jaccard_clip is an expensive\r\n", "# operation, so avoid using it unless\r\n", "# necessary due to finding excessive fusion\r\n", "# transcripts w/o it.)\r\n", "# \r\n", "# --prep :Only prepare files (high I/O usage) and stop before kmer counting.\r\n", "#\r\n", "# --no_cleanup :retain all intermediate input files.\r\n", "# --full_cleanup :only retain the Trinity fasta file, rename as ${output_dir}.Trinity.fasta\r\n", "#\r\n", "# --cite :show the Trinity literature citation\r\n", "#\r\n", "# --version :reports Trinity version (Trinityrnaseq_r20131110) and exits.\r\n", "#\r\n", "####################################################\r\n", "# Inchworm and K-mer counting-related options: #####\r\n", "#\r\n", "# --min_kmer_cov :min count for K-mers to be assembled by\r\n", "# Inchworm (default: 1)\r\n", "# --inchworm_cpu :number of CPUs to use for Inchworm, default is min(6, --CPU option)\r\n", "#\r\n", "# --no_run_inchworm :stop after running jellyfish, before inchworm.\r\n", "#\r\n", "###################################\r\n", "# Chrysalis-related options: ######\r\n", "#\r\n", "# --max_reads_per_graph :maximum number of reads to anchor within\r\n", "# a single graph (default: 200000)\r\n", "# --no_run_chrysalis :stop Trinity after Inchworm and before\r\n", "# running Chrysalis\r\n", "# --no_run_quantifygraph :stop Trinity just before running the\r\n", "# parallel QuantifyGraph computes, to\r\n", "# leverage a compute farm and massively\r\n", "# parallel execution..\r\n", "#\r\n", "# --chrysalis_output :name of directory for chrysalis output (will be\r\n", "# created if it doesn't already exist)\r\n", "# default( \"chrysalis\" )\r\n", "#\r\n", "# --no_bowtie :dont run bowtie to use pair info in chrysalis clustering.\r\n", "#\r\n", "#####################################\r\n", "### Butterfly-related options: ####\r\n", "#\r\n", "# --bfly_opts :additional parameters to pass through to butterfly\r\n", "# (see butterfly options: java -jar Butterfly.jar ).\r\n", "# (note: only for expert or experimental use. Commonly used parameters are exposed through this Trinity menu here).\r\n", "#\r\n", "# //////////////////////////////////\r\n", "# Alternative reconstruction modes:\r\n", "# Default mode is the 'regular' Butterfly transcript reconstruction by graph node extension.\r\n", "#\r\n", "# --PasaFly PASA-like algorithm for maximally-supported isoforms (conservative reconstructions, fewer isoforms)\r\n", "# or\r\n", "# --CuffFly Cufflinks-like algorithm to report minimum transcripts (fewest isoforms)\r\n", "#\r\n", "#\r\n", "# Butterfly read-pair grouping settings (used for all reconstruction modes to define 'pair paths'):\r\n", "#\r\n", "# --group_pairs_distance :maximum length expected between fragment pairs (default: 500)\r\n", "# (reads outside this distance are treated as single-end)\r\n", "#\r\n", "# ///////////////////////////////////////////////\r\n", "# Butterfly default reconstruction mode settings. (no CuffFly or PasaFly custom settings are currently available).\r\n", "# \r\n", "# --path_reinforcement_distance :minimum overlap of reads with growing transcript \r\n", "# path (default: PE: 75, SE: 25)\r\n", "# Set to 1 for the most lenient path extension requirements.\r\n", "#\r\n", "# --triplet_lock : (increase stringency of regular butterfly reconstruction)\r\n", "# lock triplet-supported nodes: node 'c' having read path 'A-B-C' disables 'Z-B-C' if no such read support exists.\r\n", "#\r\n", "# --extended_lock : (further increase the stringency of regular butterfy reconstruction) \r\n", "# extend the triplet lock to include longer range read path information.\r\n", "# ex. in extending path 'A-B-Z' to 'A-B-Z-D', we only find read support for 'A-B-C-D', that 'A-B-Z' extension to 'D' will be blocked.\r\n", "# (assumes --triplet_lock)\r\n", "#\r\n", "# /////////////////////////////////////////\r\n", "# Butterfly transcript reduction settings:\r\n", "#\r\n", "# --no_path_merging : all transcript candidates are output (including SNP variations, however, some SNPs may be unphased) \r\n", "#\r\n", "# By default, alternative transcript candidates are merged (in reality, discarded) if they are found to be too similar, according to the following logic:\r\n", "#\r\n", "# (identity=(numberOfMatches/shorterLen) > 95.0% or if we have <= 2 mismatches) and if we have internal gap lengths <= 10\r\n", "#\r\n", "# with parameters as:\r\n", "# \r\n", "# --min_per_id_same_path default: 95 min percent identity for two paths to be merged into single paths\r\n", "# --max_diffs_same_path default: 2 max allowed differences encountered between path sequences to combine them\r\n", "# --max_internal_gap_same_path default: 10 maximum number of internal consecutive gap characters allowed for paths to be merged into single paths.\r\n", "#\r\n", "# If, in a comparison between two alternative transcripts, they are found too similar, the transcript with the greatest cumulative \r\n", "# compatible read (pair-path) support is retained, and the other is discarded.\r\n", "#\r\n", "#\r\n", "# //////////////////////////////////////////////\r\n", "# Butterfly Java and parallel execution settings.\r\n", "#\r\n", "# --bflyHeapSpaceMax :java max heap space setting for butterfly\r\n", "# (default: 10G) => yields command\r\n", "# 'java -Xmx10G -jar Butterfly.jar ... $bfly_opts'\r\n", "# --bflyHeapSpaceInit :java initial hap space settings for\r\n", "# butterfly (default: 1G) => yields command\r\n", "# 'java -Xms1G -jar Butterfly.jar ... $bfly_opts'\r\n", "# --bflyGCThreads :threads for garbage collection\r\n", "# (default, not specified, so java decides)\r\n", "# --bflyCPU :CPUs to use (default will be normal \r\n", "# number of CPUs; e.g., 2)\r\n", "# --bflyCalculateCPU :Calculate CPUs based on 80% of max_memory\r\n", "# divided by maxbflyHeapSpaceMax\r\n", "# --no_run_butterfly :stops after the Chrysalis stage. You'll\r\n", "# need to run the Butterfly computes\r\n", "# separately, such as on a computing grid.\r\n", "# Then, concatenate all the Butterfly assemblies by running:\r\n", "# 'find trinity_out_dir/ -name \"*allProbPaths.fasta\" \r\n", "# -exec cat {} + > trinity_out_dir/Trinity.fasta'\r\n", "#\r\n", "#################################\r\n", "# Grid-computing options: #######\r\n", "#\r\n", "# --grid_computing_module : Perl module in /usr/local/bioinformatics/trinityrnaseq_r20131110/PerlLibAdaptors/ \r\n", "# that implements 'run_on_grid()' \r\n", "# for naively parallel cmds. (eg. 'BroadInstGridRunner')\r\n", "#\r\n", "#\r\n", "###############################################################################\r\n", "#\r\n", "# *Note, a typical Trinity command might be:\r\n", "# Trinity.pl --seqType fq --JM 100G --left reads_1.fq --right reads_2.fq --CPU 6\r\n", "#\r\n", "# see: /usr/local/bioinformatics/trinityrnaseq_r20131110/sample_data/test_Trinity_Assembly/\r\n", "# for sample data and 'runMe.sh' for example Trinity execution\r\n", "# For more details, visit: http://trinityrnaseq.sf.net\r\n", "#\r\n", "###############################################################################\r\n", "\r\n", "\r\n", "\r\n", "\r\n", "\r\n" ] } ], "prompt_number": 3 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "cd /Volumes/Data/sr320_scratch/" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "output_type": "stream", "stream": "stdout", "text": [ "/Volumes/Data/sr320_scratch\n" ] } ], "prompt_number": 2 }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [ "pwd" ], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [ { "metadata": {}, "output_type": "pyout", "prompt_number": 3, "text": [ "u'/Volumes/Data/sr320_scratch'" ] } ], "prompt_number": 3 }, { "cell_type": "raw", "metadata": {}, "source": [ "!/usr/local/bioinformatics/trinity/Trinity.pl -seqType fq --JM 20G --left 3filtered_106A_Female_Mix_GATCAG_L004_R1.fastq --right 3filtered_106A_Female_Mix_GATCAG_L004_R2.fastq --CPU 14 --output /Volumes/Data/sr320_scratch/trinity_out_dir " ] }, { "cell_type": "code", "collapsed": false, "input": [], "language": "python", "metadata": {}, "outputs": [] } ], "metadata": {} } ] }