# DeepScient [![打包面校验](https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient/actions/workflows/ci.yml) [![最新版本](https://img.shields.io/github/v/release/yzlin286-wq/Deepscient?label=release)](https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient/releases) [![许可](https://img.shields.io/badge/license-MIT-blue.svg)](LICENSE) [![Node](https://img.shields.io/badge/node-%3E%3D22.5-brightgreen.svg)](https://nodejs.org) **让 AI 与人类一起攻克真正的科学难题。** DeepScient 是一个跑在 [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai)（dsh）运行时上的**科研工作台**： 它把「选题 → 检索 → 实验 → 分析 → 作图 → 写作 → 投稿 → 审稿回应」做成看得见的 12 个阶段、 55 个可判定的门，配上 36 个科研工具、98 条技能和一套可审计的证据链。 它不是聊天框套壳，也不是论文生成器。它坚持三件事： - **证据链**：每条结论都要能追到数据、数据要能追到能重跑的实验；`science_*` 工具里没有「编一个数」的出口。 - **可复现**：实验记录、环境、版本、随机种子都落盘，换台机器能重跑出同样的表。 - **人保留判断权**：凡是系统算不出来的（构念效度、创新性、伦理取舍），工具只给检查清单，不替你下结论。 --- ## 桌面版（Windows） **不想折腾环境**：下载自包含安装包，解压即用——不需要 clone 仓库，也不需要单独安装 DeepSeek Harness。 1. 下载 [`DeepScient-desktop-v0.12.0.zip`](https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient/releases/tag/desktop-v0.12.0)（约 635 MB）； 2. 解压到短路径（如 `D:\DeepScient`，不要放在很深的目录里）； 3. 双击根目录 `DeepScient 启动.cmd`。首启自动装配桌面 profile（实测约 30–40 秒），点「登录 DeepScient」在浏览器完成授权即进入工作台。 安装包内含 `deepscient` 0.12.0 与 `dsh-science` 0.5.0，带调度层（M7）：**5 个工具**（`science_org_chart`、`science_campaign_plan`、`science_campaign_run`、`science_campaign_status`、`science_campaign_report`）与 **4 级 13 岗**编制。数据写在 `%USERPROFILE%\.deepscient`，不写 `~/.dsh`。 从源码构建（开发者形态，复用本机已装的 DeepSeek Harness 桌面壳）： ```powershell git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git cd Deepscient powershell -File deepscient/desktop/assemble-profile.ps1 # 装配 ~/.deepscient/profiles/desktop powershell -File deepscient/desktop/build-desktop.ps1 # 派生独立应用（约 1.5 GB） powershell -File deepscient/desktop/deepscient-desktop.ps1 -CreateShortcuts ``` - 完整步骤、登录流程、数据隔离与常见问题见 **[docs/desktop-install.md](docs/desktop-install.md)**； - 桌面版额外带三个**本地科学计算工具**：`local_compute_devices`（CUDA → MPS → CPU 后端探测）、`local_numeric`（numpy/scipy）、`local_symbolic`（sympy）。 ## 桌面版（macOS） **Apple Silicon 用户**：下载自包含安装包，拖进「应用程序」即用——不需要 Node.js、pnpm，也不需要单独安装 DeepSeek Harness。 1. 下载 [`DeepScient-0.12.0-mac-arm64.dmg`](https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient/releases/tag/desktop-v0.12.0-macos)（479 MB；同页也有 499 MB 的 `.zip`）； 2. 挂载后把 `DeepScient.app` 拖进 `Applications`； 3. 首次打开会被 Gatekeeper 拦一次（未签名构建）：右键 →「打开」→「打开」，或执行 `xattr -dr com.apple.quarantine /Applications/DeepScient.app`； 4. 打开后首启自动装配桌面 profile（约 30–60 秒），点「登录 DeepScient」在浏览器完成授权即进入工作台。 数据同样写在 `~/.deepscient`，与 Windows 版共用同一套课题结构，不写 `~/.dsh`。 从源码构建（macOS 桌面壳由 `deepseek-harness` 源码构建，再派生应用）： ```bash git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git cd Deepscient bash deepscient/desktop/build-desktop.sh --shell "/path/to/DeepSeek Harness.app" bash deepscient/desktop/assemble-profile.sh bash deepscient/desktop/deepscient-desktop.sh ``` - 完整安装、Gatekeeper、日志、卸载与排错见 **[docs/desktop-install-macos.md](docs/desktop-install-macos.md)**； - macOS 构建链（官方壳源码构建、helper 改名、asar 解包、ad-hoc 重签）见 **[deepscient/desktop/README-macos.md](deepscient/desktop/README-macos.md)**。 --- ## 它长什么样 ``` ┌─────────────────────────────────────────────────┐ │ DeepScient 工作台（deepscient/） │ │ 12 阶段 · 55 门 · 课题库 · 计费 · 引导 · 设置 │ └──────────────┬──────────────────────────────────┘ │ 同一个 dsh 运行时，独立数据根/profile/端口 ┌──────────────┴──────────────────────────────────┐ │ 科研后端（dsh-science/） │ │ 36 工具 · 55 门学科数据 · 12 阶段流程定义 │ │ 证据链 / 统计 / 作图 / 写作 / 审稿 / 前沿扫描 │ └──────────────┬──────────────────────────────────┘ │ 技能与外部工具 ┌──────────────┴──────────────────────────────────┐ │ 98 条技能（随包 17 + 第三方 81） │ │ MCP 工具层（可选，papers 23 + pubmed 11） │ └─────────────────────────────────────────────────┘ ``` 两个包各自独立、可分开用： | 包 | 版本 | 作用 | 依赖 | |---|---|---|---| | [`deepscient/`](deepscient/) | 0.12.0 | 产品壳：启动器、Host API、Web 界面、调度层、技能与 MCP 装配、验收脚本 | dsh 运行时 + `dsh-science` | | [`dsh-science/`](dsh-science/) | 0.5.0 | 科研内核：工具、学科数据、流程定义、preset、调度（orchestra） | 只需 dsh（`@deepseek-ai/cordis`） | ## 快速开始 前置：Windows 10/11、Node ≥ 22.5、已装 DeepSeek Harness 桌面版。 ```powershell git clone https://github.com/yzlin286-wq/Deepscient.git cd Deepscient # 1) 把科研后端挂进一个独立 profile（只需一次） # 在 dsh 会话里执行： # plugin_manager install_bundle <仓库根>\dsh-science # 或打开 dsh 的 Plugins 页，安装本目录下的 dsh-science/ # 2) 从你现有 dsh profile 抽供应商层（不含密钥，只抽 apiKeyEnv 这类变量名） node scripts/deepscient-sync-models.mjs # 3) 起实例 deepscient\bin\deepscient.cmd ``` 浏览器会自动打开 `http://127.0.0.1:3081`（端口占用则顺延 3082–3099）。首次打开有六步引导， 见 [docs/guide.md](deepscient/docs/guide.md)。 可选： ```powershell # 装 81 条第三方科研技能（联网一次，pin 到 commit，可校验可卸载） node deepscient/scripts/install-skills.mjs --plan # 先看会装什么 node deepscient/scripts/install-skills.mjs --apply # 真装 # 开 MCP 工具层（多源文献检索 + PubMed 全文） $env:DSH_ENABLE_MCP = '1' deepscient\bin\deepscient.cmd ``` ## 它能做什么 | 能力 | 规模 | 说明 | |---|---|---| | 流程 | 12 阶段 / 55 门 | 每道门对着库里的真实状态判定，不是让模型「觉得可以了」 | | 工具 | 36 个 | 23 个挂在具体阶段，13 个跨阶段（查历史、溯源、教练、期刊情报、前沿扫描） | | 学科 | 55 门 | 每门的方法、统计口径、报告规范、常见坑 | | 技能 | 98 条 | 随包 17 条 + 第三方 81 条（8 个 MIT 仓库，pin 到 commit） | | 文献源 | 8 个内置 + 自定义 | Crossref / OpenAlex / arXiv / PubMed / Semantic Scholar / Europe PMC 等 | | MCP | 34 个工具（可选） | `papers` 23 个多源检索下载 + `pubmed` 11 个全文与 MeSH | | 期刊情报 | 5000+ 刊 | 分区、周期、格式、投稿要求，用于选刊与排版 | 界面里有五个页签：**工作台**（阶段与门）、**课题库**、**接入**（数据源与凭据）、 **计费**（token 真值 + 按你填的价目估算）、**说明**（这套东西怎么用、边界在哪）。 ## 仓库结构 ``` . ├─ README.md ← 你在这里 ├─ LICENSE MIT ├─ CHANGELOG.md 0.1.0 → 0.4.0 ├─ CONTRIBUTING.md 怎么改、怎么验、什么不能提交 ├─ ROADMAP.md 已知边界与后续计划 ├─ docs/ │ ├─ README.md 文档总索引（两张包各自的 docs 都在这张表里） │ ├─ spec.md 技术规格：实例形态、组合、验收口径 │ └─ third-party.md 81 条第三方技能的来源、许可与署名 ├─ deepscient/ 产品壳（0.12.0） │ ├─ bin/ 启动器（PowerShell，必须带 BOM） │ ├─ host/ Host API：/health /skills /presets /projects … │ ├─ client/ 界面 │ ├─ docs/ 9 篇使用文档 │ ├─ scripts/ 验收与技能安装（零依赖） │ ├─ cordis.patch.yml 组合层 │ └─ mcp.patch.yml MCP 层（默认不加载） ├─ dsh-science/ 科研内核（0.5.0） │ ├─ lib/ 工具注册与流程引擎（ESM） │ ├─ data/ 55 门学科、统计口径、期刊情报、流程定义 │ ├─ presets/ 科研模式 preset │ ├─ skills/ 随包 17 条技能 │ ├─ skills-vendor/ 第三方技能清单（只有 manifest，没有正文） │ └─ docs/ 7 篇方法论文档 ├─ scripts/ 供应商层抽取脚本 ├─ tools/ 仓库级工具（打包面校验、发布） └─ .github/ CI、Issue/PR 模板、安全策略 ``` ## 怎么验它真的能用 这个仓库的规矩是：**声称的每一件事都要有一条能跑的命令对上**。 ```powershell # 打包面（零依赖，CI 与本地同一份）：语法、files 完整性、清单 pin、.ps1 BOM、隐私、文档链接 node tools/verify-packaging.mjs # 活实例验收（需要实例在跑）：294 项 HTTP/文件断言 node deepscient/scripts/verify-deepscient.mjs --token <本次启动的 token> # 端到端：真 key 真模型真回答 + 建课题 + 预设体检 + 技能与 MCP 装配 node deepscient/scripts/e2e-science-run.mjs --run --base http://127.0.0.1:3081 # 第三方技能安装器自检（10 项）与干跑 node deepscient/scripts/install-skills.mjs --self-test node deepscient/scripts/install-skills.mjs --plan # 运行时面的便携性检查（78 个文件：无提示词变量、无本机路径、无私有插件痕迹） node dsh-science/scripts/verify-portability.mjs # MCP 服务器单独握手（绕开 dsh，出错时把 npx 的报错打出来） node deepscient/scripts/probe-mcp.mjs pubmed ``` 最近一次全绿记录：打包面 20 项、活实例 294 项（不带 token 285 项）、端到端六段 PASS、 技能清单 81/81 pin 正确、MCP 开启后注册 34 个工具。 ## 已知边界 诚实列在这里，也写在 [ROADMAP.md](ROADMAP.md)： - **headless 不组合 agent preset**，所以「会话里看到几条技能」只能在 Web 会话里验，不能从命令行验。 - **MCP 只验到「工具已注册」**，还没有一次「让模型真的调 `mcp__pubmed__*` 查到一篇」的完整往返记录。 - **界面没做截图回归**：改动后靠人工看一眼，没有像素级基线。 - **只在 Windows 上验证过**。启动器是 PowerShell，`bin/launch.ps1` 依赖 BOM；Linux/macOS 需要另写启动器。 ## 路线图 见 [ROADMAP.md](ROADMAP.md)。近期三条：巨型技能包的折叠路由、MCP 真实调用链、界面截图基线。 ## 许可与致谢 本仓库代码 MIT，见 [LICENSE](LICENSE)。 第三方技能各自沿用来时许可（全部 MIT 系），清单与署名见 [docs/third-party.md](docs/third-party.md)—— 包括 [K-Dense-AI/scientific-agent-skills](https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills)（42 条）、 [Aperivue/medsci-skills](https://github.com/Aperivue/medsci-skills)（20 条）、 [jxtse/scientific-research-skills](https://github.com/jxtse/scientific-research-skills)（7 条）等 8 个仓库。 它们的正文不进本仓库，装的时候按 commit 拉取并校验 sha256。 运行在 [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai) 之上：组合层、preset、Host API、Web 界面全部复用它的插件体系。