笨牛改用自由軟體的心得分享（中）

1. 跨平台的科學繪圖軟體 Rlplot：強調是 publication quality，常見基本的圖都有，包括畫 error bar。不過 RLplot 1.0 版使用時偶爾會掛掉，希望新版更穩定，聽說 GNUplot 更強，但是不易上手。
   1. RLplot 官網；使用微軟作業系統的請下載 .exe 檔。
   2. RLplot 畫的範例圖。
2. 跨平台的圖書編目軟體 Bibus：可以一邊寫論文報告一邊插入引用文獻，只要幾個步驟就可以改變引用格式（例如作者年代或是引用順序）。笨牛就是用 Bibus + OpenOffice.org 寫實驗紀錄及 research proposal。Bibus 作者最近才釋出 Bibus for Word on Win & Mac，但是這個軟體安裝過程有些複雜，有興趣的讀者請參考官網說明或是 OpenOffice.org 英文論壇。
   1. Bibus請見這裡。
3. 畫化學式：以前在微軟作業系統下，笨牛用 ISIS Draw（免費註冊後可以下載，請見這裡）。現在用 Linux 就用xchemdraw及 chemtool。因為目前只要畫簡單化學結構，所以這就夠用了，未來若需要畫立體結構或是預測蛋白質結構等，笨牛已找到一些，等到有需要時再學著怎用就好。
4. 統計軟體：以前在微軟作業系統下，笨牛用 PAST（請見這裡），現在正在學跨平台的 GNU R，請見這裡。

   上述幾個軟體是笨牛目前所用的，不代表永遠用這些，但是為何強調這個呢？因為笨牛有空就找其他同功能的軟體，大家都可以寫軟體，還可以拿別人寫的軟體加以 修改以符合需求，所以可用的軟體很多，使用者只要花時間去找需要的，不然找相關軟體的討論，看看那個知名度高或評價好，就用那個……這就是自由軟體特色。 其實各領域都有適用的自由或免費軟體，只待讀者們去發覺。

5. 笨牛簡單列出一些軟體的比較，算一算就知道可以省多少錢：
   1. 有些軟體笨牛沒用過如 Visio、SAS 等，售價以順發網站、PCHOME、https://www.newegg.com、https://amozon.com 或是官方報價為主。
   2. 對於常用的基本功能，這些免費的軟體都可以勝任。至於專業的功能，請讀者試試看才知道。
   3. 有些軟體是學校或公司購買授權，成員可以免費使用或是低價購買。如笨牛的學校購買了統計軟體 Minitab，所有成員可以免費使用。但是有一天笨牛會離開這裡，誰知道下一個地方會不會有免費的可以用，所以笨牛決定找免費的，就沒有這種限制。何況 校園授權不是免費，是學校跟軟體公司談好了價錢，一次大量購買。但是錢從何處來？當然是學生的學費及納稅人的錢。
   4. 笨牛並不是反商業軟體，笨牛絕對支持正版軟體，只是合法軟體也有免費的、功能相同，為何不用呢？

功能	商業軟體	售價	自由或免費軟體	售價
作業系統	Win XP Home （隨機版）	NT$3150 US$90	B2D Linux (除了B2D， 還有數百種免費的作業系統)	$0
辦公室軟體	MS Office 2003 （師生版）	NT$ US$125	OpenOffice.org (跨平台)	$0
科學繪圖	SigmaPlot （教育版）	？？ US$499	RLplot （跨平台） or GNUplot （跨平台）	$0
統計	SAS or Minitab （使用一年）	？？ US$50	PAST （MS）， GNU R （跨平台）	$0
畫化學式	ChemDraw	？？ US$806	Chemtool or ISIS Draw （MS）	$0
寫報告及論文	EndNote 9 （學生版） Reference manager 11 （學生版）	？？ US$100 ？？ US$95	Bibus （跨平台）	$0
防毒軟體	Antivirus	NT$1500 --	Antivir （MS）	$0
防火牆	Firewall	NT$1980 US$30	Zone alarm （MS）	$0
存成PDF檔	Adobe Acrobat 7.0	NT$4400 US$267	PDF creator or OpenOffice	$0
向量繪圖	CorelDraw （師生版）	NT$2590 US$90	OpenOffice Draw （可以當作簡易版的CorelDraw）	$0
畫流程圖	MS Visio	？？ US$182	Dia or OpenOffice Draw	$0
影像處理	Photoshop	NT$30000 US$579	Gimp （跨平台）	$0
翻譯軟體	Dr.eye	NT$700 --	星際譯王 （跨平台）	$0
寫網頁	Dreamweaver	NT$9700 ？？	Nvu （跨平台）	$0

這故事還有點長……請耐心看完。

1. 笨牛的動機
   1. 早期的動機：笨牛不喜歡用盜版，一來非法二，來良心不安。所以笨牛花了不少時間尋找及學習免費的替代軟體。
   2. 後來的覺醒：等笨牛全面接觸自由軟體，才發現被那些商業軟體公司騙了，以前傻傻的以為商業軟體才是軟體，沒有商業軟體就不能使用電腦。可能很多人 會認為沒有某知名品牌的辦公室軟體，就沒有辦法打報告作簡報……其實這是嚴重的誤解，其實免費的辦公室軟體很多，其他文書編輯的軟體也不少，如 Latex，有一篇文章：關於 LaTeX。

      再舉個例子，笨牛為了找尋類似 Excel的免費軟體來畫微生物生長曲線 (with error bars)， 笨牛試過 Neo Office、K Office、Gnome Office、OpenOffice.org、Star Office，這幾個辦公室都是免費的。如果讀者沒聽過上述的辦公室軟體，請不用傷心，笨牛以前也是如此， 這只能說某商業軟體公司的宣傳太成功了，使用這些商業軟體跟吃毒品一樣，請見這裡。

      讀者瀏覽這個網頁可以看到一堆軟體，又例如輸入 protein、DNA、chemical draw、mathematics、physics等關鍵字就可以看到一堆合法下載相關軟體，而且免費使用。若看到 non-free 是指非自由，不是誤會成非免費。

      這網頁只是 debian的應用軟體，更不要說給其他知名如 Fedora、Mandriva等， 全部可以用的軟體加起來會多到嚇死人。另外提醒，在Linux下安裝軟體與微軟的方法有些許不同，剛開始要花一些時間去學，讀者若有興趣，絕對值得花時間深入研究。

2. 緣份及過程
   1. 早期：笨牛在 2002 年就買了 OpenOffice.org 第一版的書及內附的光碟，但是感覺不順手就沒再用了。2003 年，笨牛買了 Mandrake Linux 9 書與光碟，當時也是不順手就放棄了。
   2. 中期 1：中間有好一段時間沒有在碰這些東西。但是有個事件，讓笨牛很生氣，笨牛曾經花了很多時間在搜尋免費的科學繪圖軟體（指生物領域），心裏想著，我們生物 人有那麼卑賤低能嗎？笨牛只不過想要一個免費的數據作圖軟體（尤其是畫 error bar），全世界沒有人寫的出來嗎？當然事後證明卑賤低能的是笨牛，這些免費科學繪圖軟體即使沒有多到一卡車，少也有半卡車那麼多，讀者不信？請到 https://sourceforge.net or https://freshmeat.net，打入關鍵字如 "scientific plotting" 看看。
   3. 中期 2：後來聽說 Firefox 的安全性比佔有率第一的那個瀏覽器好很多，笨牛就切換到 Firefox（沒有適應不良），同時笨牛弄了一台 P-II 350 ($1， from garage sale)，開始學習安裝 Linux，笨牛比較保守，深怕會影響正常工作，所以先從這台古董電腦開始摸起，到此蘊釀了許久，笨牛的 Linux 緣份才正式到來。
   4. 近期：笨牛想要全面改用 OpenOffice.org ，但是必須考量幾個因素，其中最重要的是寫出來的文件老闆可以讀嗎？老闆用 MS Office + Mac OSX，所以笨牛打算慢慢評估，等相容性沒問題後再來切換。但是後來發生嚴重當機（某辦公室軟體 crash），辛苦打的報告都毀了，之前也發生過幾次，所以推測是程式不穩，一氣之下馬上全面換用 OpenOffice.org，原本打算慢慢評估相容性，也不管了，太生氣了！同時花了一些時間，把過去的檔案重新存成開放格式。給老闆的文件就給 PDF檔，需要修改的才給 doc 檔，當然笨牛也不斷的勸導老闆使用 OpenOffice.org。
   5. 同時笨牛已經試過數種作業系統，累積了一些些的經驗，也讀了不少相關的文章，有了一些概念，於是決定在家裡用 Linux，在學校則用某知名的作業系統，那一陣子笨牛是用雙系統。上網用 Firefox，打報告用 OpenOffice.org 所以沒有切換的問題，白天打的文件，晚上在家裡一樣可以用 Linux來接著完成。

      後來笨牛幸運地得到退休級的蘋果電腦，笨牛在上面安裝了 Firefox and OpenOffice.org，嘿嘿，諸位讀者，那一瞬間笨牛感受到跨平台軟體原來是這麼神奇！舉個例子， 家裏用準備一份簡報 (Linux)，然後請老闆校稿 (Mac OSX)，最後到會場上台報告 (MS Windows)，理想上只要大家都用 OpenOffice.org，就沒有相容性問題，沒有投影片顏色不對， 置走掉，動畫變樣的問題。從那時候開始，笨牛得到一個心得，使用軟體就要用可以跨平台的。 有篇文章，也是說明跨平台的好處。自由軟體的優點－跨平臺。

   6. 回想 2004 年笨牛為了寫報告，買了 EndNote，當時覺得有這種軟體對研究生真是一大福音，尤其老闆在刁論文格式時，只要兩下子，文獻排列方式馬上改變。但是現在笨牛已經改用 OpenOffice.org，即使有個線上免費的 RefWork，也不支援 OpenOffice.org，難道 OpenOffice.org 的使用者無法使用圖書編目軟體嗎？就這樣展開另一段故事，請見這個網頁。

      這裡列出了常見的圖書編目軟體，笨牛就挑了幾個免費的試試看，包括 B3、JabRef、 Bibus、Pybliographer 等，奈何笨牛程度不夠，安裝失敗或者不會使用。此時與大學同學聯絡上（玩 Linux 4年多了），向他請教安裝 bibliographic software 的問題，他摸索了一下， 最後他建議笨牛使用 Bibus，並透過電話一步一步的教會笨牛安裝 Bibus (on SimplyMepis Linux)。在完成 Bibus 安裝與使用之後，我大學同學很興奮的說：我們已經全戰備了，所有的武器都到齊了，可以完全不用商業軟體而完成研究所的課業。笨牛也順利解決 Bibus 在其他作業系統 (B2D Linux、Win XP) 的安裝問題。也就是這樣，笨牛才順利全面切換到 Linux，比自己原定的時間早了 10 個月。