FX Jollois 
library(ggplot2)
library(scales)
library(reshape2)

A faire

Vous devez faire les questions suivantes avec la fonction ggplot().

1. Dans les données iris, représenter les boîtes à moustaches des 4 variables pour les trois espèces.

Un graphque par variable
ggplot(iris, aes(Species, Sepal.Length)) + geom_boxplot()

ggplot(iris, aes(Species, Sepal.Width)) + geom_boxplot()

ggplot(iris, aes(Species, Petal.Length)) + geom_boxplot()

ggplot(iris, aes(Species, Petal.Width)) + geom_boxplot()

Tous les graphiques sur la même figure
iris.melt = melt(iris, id.vars = "Species")
ggplot(iris.melt, aes(Species, value)) + 
    geom_boxplot() +
    facet_wrap(~ variable, scales = "free")

Avec un peu de personnalisation
iris.melt = melt(iris, id.vars = "Species")
ggplot(iris.melt, aes(Species, value, fill = Species)) + 
    geom_boxplot() +
    facet_wrap(~ variable, scales = "free") +
    scale_fill_brewer(palette = "Pastel1") + 
    theme_minimal() +
    theme(axis.title = element_blank(),
          panel.grid = element_blank(),
          strip.background = element_rect(fill = "black", color = "black"),
          strip.text = element_text(color = "white"))

2. Dans les données tips du package reshape2, représenter total_bill en fonction de sex et smoker.

ggplot(tips, aes(sex, total_bill, fill = sex)) + geom_boxplot() +
    facet_grid(~ smoker, labeller = label_both)

3. Toujours dans tips, représenter total_bill et tip, en fonction de sex de 2 façons

ggplot(tips, aes(total_bill, tip, color = sex)) + 
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm", se = FALSE) +
    facet_grid(~ sex, labeller = label_both)

ggplot(tips, aes(total_bill, tip)) + 
    geom_bin2d() +
    facet_grid(~ sex, labeller = label_both)

ggplot(transform(tips, total_bill_cut = cut(total_bill, 5)), 
       aes(total_bill_cut, tip, fill = total_bill_cut)) +
    geom_boxplot() +
    facet_grid(~ sex, labeller = label_both) +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = .5))

4. Idem avec smoker en plus

ggplot(tips, aes(total_bill, tip, color = sex)) + 
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm", se = FALSE) +
    facet_grid(smoker ~ sex, labeller = label_both)

ggplot(transform(tips, total_bill_cut = cut(total_bill, 5)), 
       aes(total_bill_cut, tip, fill = total_bill_cut)) +
    geom_boxplot() +
    facet_grid(smoker ~ sex, labeller = label_both) +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = .5))

5. Comment répondre aux questions suivantes :

1. Les pourboires (tip) dépendent ils du montant (total_bill)
ggplot(tips, aes(total_bill, tip)) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm")

2. Et des jours de la semaine (day) ?
ggplot(tips, aes(day, tip, fill = day)) +
    geom_boxplot() +
    scale_x_discrete(limits = c("Thur", "Fri", "Sat", "Sun"))

3. Et du nombre de convives (size) ?
ggplot(tips, aes(size, tip)) +
    geom_boxplot(aes(group = size)) +
    geom_jitter(width = .2) +
    scale_x_continuous(breaks = 1:6) +
    geom_smooth(method = "lm")

4. Croiser tip en fonction de total_bill et size
ggplot(tips, aes(size, total_bill, col = tip)) +
    geom_jitter(size = 2, width = .2) +
    scale_color_gradient2(low = "darkred", mid = "gray60", high = "darkgreen", midpoint = 3.5)

ggplot(tips, aes(factor(size), cut(total_bill, 6), z = tip)) +
    stat_summary_2d(fun = mean) +
    labs(x = "size", y = "total_bill", fill = "mean(tip)")

6. bonus : à partir des données anscombe, refaire le graphique suivant

ans = rbind(
    transform(setNames(subset(anscombe, select = c(x1, y1)), c("x", "y")), ex = 1),
    transform(setNames(subset(anscombe, select = c(x2, y2)), c("x", "y")), ex = 2),
    transform(setNames(subset(anscombe, select = c(x3, y3)), c("x", "y")), ex = 3),
    transform(setNames(subset(anscombe, select = c(x4, y4)), c("x", "y")), ex = 4)
)
ggplot(ans, aes(x, y)) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm", fullrange = T, se = FALSE) +
    facet_wrap(~ ex)

ou en une fois

ggplot(
    Reduce(
        function(a, b) { return(rbind(a, b))},
        lapply(1:4, function(i) {
            ans = anscombe[,paste(c("x", "y"), i, sep = "")]
            names(ans) = c("x", "y")
            ans$i = i
            return(ans)
        })
    ),
    aes(x, y)) +
    geom_point() +
    geom_smooth(method = "lm", se = FALSE, fullrange = TRUE) +
    facet_wrap(~ i)

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