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生科巨量資料專案 OpenBEL 加入 Linux Foundation 會員

Created at Tuesday, 03 September 2013 13:49 Last Updated on Tuesday, 03 September 2013 13:54 Written by 黃郁文／編譯

Linux Foundation 日前宣布生命科學領域的前瞻開源專案 OpenBEL 加入基金會成為正式會員，雙方將透過彼此合作以獲取、整合及分享生物學方面的知識，並藉開放源碼的手段與 Linux 平台將此專案推進更廣大的科學應用領域。

在生命科學領域，資料的初步收集並非難事，但困難處，反而是不同研究機構間資訊的互動與流通，是一件頗為困擾科學家的複雜工作。OpenBEL 為一套生命科學領域的資訊紀錄與分享框架，使用新創「生物學表徵語言 (Biological Expression Language, BEL)」的方式來進行資訊的登載與交換，該種語言以電腦可讀、可分析的格式與框架，來表述生命科學上的細節以及新發現；此外，BEL 的紀錄框架，可以將不同來源的生科資訊彙整至單一電腦分析系統裡，如此一來，不同的研究機構人員間便不需再費心進行資料格式差異性的描述，只需要透過 BEL，就可以找出一個讓彼此資料可以順暢交換與交叉引證分析的管道。

OpenBEL 係於 2012 年 6 月由生科發展公司 Selventa 以自由開放源碼的方式釋出，官方 OpenBEL 網站相關內容採創用CC-姓名標示-3.0 非本地化版本 (Creative Commons Attribution 3.0 Unported) 釋出，程式碼的部份以 Eclipse Public License - v 1.0 (EPL-1.0) 的方式提供，而其置於 GitHub 上的程式框架，則顯示是以 Apache License Version 2.0 (Apache-2.0) 的方式容許他人下載與利用。在加入 Linux Foundation 之前，OpenBEL 已被用於生科的研究機構間，以瞭解藥品的有效性與毒性、及其敏感度與對抗性，同時在其架構下供作巨量資料 (Big Data) 的分析，以讓研究人員透過資訊系統的協助，能對生物疾病有更深入的瞭解。其資訊被各大研究單位與學校所利用，包括 AstraZeneca、The Fraunhofer Institute、Harvard Medical School、Novartis、Pfizer、University of California at San Diego，以及 Foundation Medicine。OpenBEL 專案的領導人 Ted Slater 表示：對於想要拓展開放性的一般公司，加入 Linux Foundation 可能是一個很好的途徑，因為在納入 Linux Foundation 旗下的會員體制之後，OpenBEL 就可以好好利用 Linux Foundation 的軟體專案與社群資源，例如目前歷史上最龐大的資訊計算系統 Linux OS，來進行生物科學領域下合作開放性的發展與管理。

對此，Linux Foundation 的執行長 Jim Zemlin 也指出，OpenBEL 作為自由開放源碼的發展專案，可以為醫學與科學界帶來突破性的進展。因為團結力量大，Linux 作業系統的成功就是最好的證明，而這樣的經驗必定也受用於電腦資訊以外的專案。OpenBEL 可以展示藉由開放與合作的共工模式，可推進科學進步，而自由開源軟體發展方式的成功，亦並非僅止於管理程式碼的面向上，以 OpenBEL 來說，其包括 BEL 語言、開放源碼，以及 BEL 框架等相關技術與工具，甚至可說是 Linux Foundation 旗下第一個採巨量資料與開放源碼框架的結合專案，故 Linux Foundation 也非常期待 OpenBEL，能透過 Linux Foundation 開源軟體專案管理方面的經驗，來更進一步促進其專案本身的知識累積與科學發展。

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